Experiment Overview
| Repository ID: | FR-FCM-ZZ88 | Experiment name: | Flow cytometry in fungi: comparison of method used | MIFlowCyt score: | 84.00% |
| Primary researcher: | Tereza Veselská | PI/manager: | Tereza Veselská | Uploaded by: | Tereza Veselská |
| Experiment dates: | 2010-06-30 - 2013-03-22 | Dataset uploaded: | Oct 2013 | Last updated: | Jun 2014 |
| Keywords: | [flow cytometry] [genome size] [buffer] [fungi] [confocal microscopy] [RNAse] [fixation] [standard] | Manuscripts: | [24953637] |
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| Organizations: |
Institute of Microbiology ASCR, Praha 4, (Czech Republic)
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| Purpose: | The use of FCM in zoology or plant research has long tradition and many of studies that compare methodical approaches have been published until now. The routine application of FCM in genome size estimation of microorganism is limited by methodical problems linked to their small genome size. In contrast to plant research, only a few methodical publications exist for the mycology field, and reviews are absent. Another problem is the absence of suitable standards to determine absolute genome size of fungi. Thus it is of high priority to compare methodical approaches used in flow cytometry studies in mycology and to find a new standard for FCM with fungi. | ||||
| Conclusion: | Our results demonstrate the enormous effects of the methods used for FCM on genome size estimation. Fixation with methanol:glacial acetic acid (3:1 v/v), 10% DMSO, 0.1% Triton-X 100, and 5 mM EDTA in combination with Tris-MgCl2 buffer was selected as the best treatment. Aspergillus fumigatus CEA10 was found to be an appropriate standard for genome size estimation in fungi. | ||||
| Comments: | None | ||||
| Funding: | Not disclosed | ||||
| Quality control: | CS&T beads (Becton Dickinson, New Jersey, USA) were used for application settings and quality control. Laser delay and laser alignment was calibrated by AlignFlow™ flow cytometry alignment beads, 2.5 μm for 488 nm excitation (Invitrogen, Eugene, USA). | ||||
Experiment variables
| Individuals | |
|---|---|
| · 7 | 0_7.fcs · 15_7.fcs · 15_7.fcs-(1) · 15b_7.fcs · 15c_7.fcs · 30_7.fcs · 30_7.fcs-(1) · 30b_7.fcs · 30c_7.fcs · 45_7.fcs · 5_7.fcs · 60_7.fcs · 60_7.fcs-(1) · 60b_7.fcs · 60c_7.fcs · 7_4F.fcs · 7_70E.fcs · 7_90M.fcs · 7_95E.fcs · 7_LB01+spermin.fcs · 7_LB01-spermin.fcs · 7_MA+.fcs · 7_MA.fcs · 7_Otto buffer.fcs · 7_PBS.fcs · 7_TE.fcs · 7_TrisMgCl2.fcs · 7b_4F.fcs · 7b_70E.fcs · 7b_90M.fcs · 7b_95E.fcs · 7b_LB01+spermin.fcs · 7b_LB01-spermin.fcs · 7b_MA+.fcs · 7b_MA.fcs · 7b_Otto buffer.fcs · 7b_PBS.fcs · 7b_TE.fcs · 7b_TrisMgCl2.fcs · 7c_4F.fcs · 7c_70E.fcs · 7c_90M.fcs · 7c_95E.fcs · 7c_LB01+spermin.fcs · 7c_LB01-spermin.fcs · 7c_MA+.fcs · 7c_MA.fcs · 7c_Otto buffer.fcs · 7c_PBS.fcs · 7c_TE.fcs · 7c_TrisMgCl2.fcs · overnightb_7.fcs · overnightc_7.fcs |
| · 8 | 0_8.fcs · 15_8.fcs · 15_8.fcs-(1) · 15b_8.fcs · 15c_8.fcs · 30_8.fcs · 30_8.fcs-(1) · 30b_8.fcs · 30c_8.fcs · 45_8.fcs · 5_8.fcs · 60_8.fcs · 60_8.fcs-(1) · 60b_8.fcs · 60c_8.fcs · 8_0.fcs · 8_005.fcs · 8_007.fcs · 8_01.fcs · 8_015.fcs · 8_025.fcs · 8_05.fcs · 8_075.fcs · 8_1.fcs · 8_125.fcs · 8_4F.fcs · 8_70E.fcs · 8_90M.fcs · 8_95E.fcs · 8_LB01+spermin.fcs · 8_LB01-spermin.fcs · 8_MA+.fcs · 8_MA.fcs · 8_Otto buffer.fcs · 8_PBS.fcs · 8_TE.fcs · 8_TrisMgCl2.fcs · 8_c_LB01-spermin.fcs · 8b_4F.fcs · 8b_70E.fcs · 8b_90M.fcs · 8b_95E.fcs · 8b_LB01+spermin.fcs · 8b_LB01-spermin.fcs · 8b_MA+.fcs · 8b_MA.fcs · 8b_Otto buffer.fcs · 8b_PBS.fcs · 8b_TE.fcs · 8b_TrisMgCl2.fcs · 8c_4F.fcs · 8c_70E.fcs · 8c_90M.fcs · 8c_95E.fcs · 8c_LB01+spermin.fcs · 8c_MA+.fcs · 8c_MA.fcs · 8c_Otto buffer.fcs · 8c_PBS.fcs · 8c_TE.fcs · 8c_TrisMgCl2.fcs · overnightb_8.fcs · overnightc_8.fcs |
| · 24 | 0_24.fcs · 15_24.fcs · 15_24.fcs-(1) · 15b_24.fcs · 15c_24.fcs · 24_4F.fcs · 24_70E.fcs · 24_90M.fcs · 24_95E.fcs · 24_LB01+spermin.fcs · 24_LB01-spermin.fcs · 24_MA+.fcs · 24_MA.fcs · 24_Otto buffer.fcs · 24_PBS.fcs · 24_TE.fcs · 24_TrisMgCl2.fcs · 24b_4F.fcs · 24b_70E.fcs · 24b_90M.fcs · 24b_95E.fcs · 24b_LB01+spermin.fcs · 24b_LB01-spermin.fcs · 24b_MA+.fcs · 24b_MA.fcs · 24b_Otto buffer.fcs · 24b_PBS.fcs · 24b_TE.fcs · 24b_TrisMgCl2.fcs · 24c_4F.fcs · 24c_70E.fcs · 24c_90M.fcs · 24c_95E.fcs · 24c_LB01+spermin.fcs · 24c_LB01-spermin.fcs · 24c_MA+.fcs · 24c_MA.fcs · 24c_Otto buffer.fcs · 24c_PBS.fcs · 24c_TE.fcs · 24c_TrisMgCl2.fcs · 30_24.fcs · 30_24.fcs-(1) · 30b_24.fcs · 30c_24.fcs · 45_24.fcs · 5_24.fcs · 60_24.fcs · 60_24.fcs-(1) · 60b_24.fcs · 60c_24.fcs · Specimen_24_05.fcs · Specimen_24_07.fcs · Specimen_24_10.fcs · Specimen_24_100.fcs · Specimen_24_125.fcs · Specimen_24_15.fcs · Specimen_24_25.fcs · Specimen_24_50.fcs · Specimen_24_75.fcs · Specimen_modra_24_bezRNA.fcs · overnightb_24.fcs · overnightc_24.fcs |
| · 35 | 0_35.fcs · 15_35.fcs · 15_35.fcs-(1) · 15b_35.fcs · 15c_35.fcs · 30_35.fcs · 30_35.fcs-(1) · 30b_35.fcs · 30c_35.fcs · 35_0.fcs · 35_005.fcs · 35_007.fcs · 35_01.fcs · 35_015.fcs · 35_025.fcs · 35_05.fcs · 35_075.fcs · 35_1.fcs · 35_125.fcs · 35_70E.fcs · 35_90M.fcs · 35_95E.fcs · 35_LB01+spermin.fcs · 35_LB01-spermin.fcs · 35_MA+.fcs · 35_MA.fcs · 35_Otto buffer.fcs · 35_PBS.fcs · 35_TE.fcs · 35_TrisMgCl2.fcs · 35b_4F.fcs · 35b_70E.fcs · 35b_90M.fcs · 35b_95E.fcs · 35b_LB01+spermin.fcs · 35b_LB01-spermin.fcs · 35b_MA+.fcs · 35b_MA.fcs · 35b_Otto buffer.fcs · 35b_PBS.fcs · 35b_TE.fcs · 35b_TrisMgCl2.fcs · 35c_4F.fcs · 35c_70E.fcs · 35c_90M.fcs · 35c_95E.fcs · 35c_LB01+spermin.fcs · 35c_LB01-spermin.fcs · 35c_MA+.fcs · 35c_MA.fcs · 35c_Otto buffer.fcs · 35c_PBS.fcs · 35c_TE.fcs · 35c_TrisMgCl2.fcs · 45_35.fcs · 5_35.fcs · 60_35.fcs · 60_35.fcs-(1) · 60b_35.fcs · 60c_35.fcs · overnightb_35.fcs · overnightc_35.fcs |
| · 26 | Specimen_26_05.fcs · Specimen_26_07.fcs · Specimen_26_10.fcs · Specimen_26_100.fcs · Specimen_26_125.fcs · Specimen_26_15.fcs · Specimen_26_25.fcs · Specimen_26_50.fcs · Specimen_26_75.fcs · Specimen_modra_26_bezRNA.fcs |
| · CEA10 | CEA10_.fcs · CEA10_b.fcs · CEA10_c.fcs · CEA10_d.fcs · CEA10_e.fcs |
| · S.cerevisiae | S.cerevisiae.fcs · S.cerevisiae_b.fcs · S.cerevisiae_c.fcs |
| Conditions | |
|---|---|
| · Fixative Type | 24_4F.fcs · 24_70E.fcs · 24_90M.fcs · 24_95E.fcs · 24_MA+.fcs · 24_MA.fcs · 24b_4F.fcs · 24b_70E.fcs · 24b_90M.fcs · 24b_95E.fcs · 24b_MA+.fcs · 24b_MA.fcs · 24c_4F.fcs · 24c_70E.fcs · 24c_90M.fcs · 24c_95E.fcs · 24c_MA+.fcs · 24c_MA.fcs · 35_70E.fcs · 35_90M.fcs · 35_95E.fcs · 35_MA+.fcs · 35_MA.fcs · 35b_4F.fcs · 35b_70E.fcs · 35b_90M.fcs · 35b_95E.fcs · 35b_MA+.fcs · 35b_MA.fcs · 35c_4F.fcs · 35c_70E.fcs · 35c_90M.fcs · 35c_95E.fcs · 35c_MA+.fcs · 35c_MA.fcs · 7_4F.fcs · 7_70E.fcs · 7_90M.fcs · 7_95E.fcs · 7_MA+.fcs · 7_MA.fcs · 7b_4F.fcs · 7b_70E.fcs · 7b_90M.fcs · 7b_95E.fcs · 7b_MA+.fcs · 7b_MA.fcs · 7c_4F.fcs · 7c_70E.fcs · 7c_90M.fcs · 7c_95E.fcs · 7c_MA+.fcs · 7c_MA.fcs · 8_4F.fcs · 8_70E.fcs · 8_90M.fcs · 8_95E.fcs · 8_MA+.fcs · 8_MA.fcs · 8b_4F.fcs · 8b_70E.fcs · 8b_90M.fcs · 8b_95E.fcs · 8b_MA+.fcs · 8b_MA.fcs · 8c_4F.fcs · 8c_70E.fcs · 8c_90M.fcs · 8c_95E.fcs · 8c_MA+.fcs · 8c_MA.fcs |
| · Buffer Type | 24_LB01+spermin.fcs · 24_LB01-spermin.fcs · 24_Otto buffer.fcs · 24_PBS.fcs · 24_TE.fcs · 24_TrisMgCl2.fcs · 24b_LB01+spermin.fcs · 24b_LB01-spermin.fcs · 24b_Otto buffer.fcs · 24b_PBS.fcs · 24b_TE.fcs · 24b_TrisMgCl2.fcs · 24c_LB01+spermin.fcs · 24c_LB01-spermin.fcs · 24c_Otto buffer.fcs · 24c_PBS.fcs · 24c_TE.fcs · 24c_TrisMgCl2.fcs · 35_LB01+spermin.fcs · 35_LB01-spermin.fcs · 35_Otto buffer.fcs · 35_PBS.fcs · 35_TE.fcs · 35_TrisMgCl2.fcs · 35b_LB01+spermin.fcs · 35b_LB01-spermin.fcs · 35b_Otto buffer.fcs · 35b_PBS.fcs · 35b_TE.fcs · 35b_TrisMgCl2.fcs · 35c_LB01+spermin.fcs · 35c_LB01-spermin.fcs · 35c_Otto buffer.fcs · 35c_PBS.fcs · 35c_TE.fcs · 35c_TrisMgCl2.fcs · 7_LB01+spermin.fcs · 7_LB01-spermin.fcs · 7_Otto buffer.fcs · 7_PBS.fcs · 7_TE.fcs · 7_TrisMgCl2.fcs · 7b_LB01+spermin.fcs · 7b_LB01-spermin.fcs · 7b_Otto buffer.fcs · 7b_PBS.fcs · 7b_TE.fcs · 7b_TrisMgCl2.fcs · 7c_LB01+spermin.fcs · 7c_LB01-spermin.fcs · 7c_Otto buffer.fcs · 7c_PBS.fcs · 7c_TE.fcs · 7c_TrisMgCl2.fcs · 8_LB01+spermin.fcs · 8_LB01-spermin.fcs · 8_Otto buffer.fcs · 8_PBS.fcs · 8_TE.fcs · 8_TrisMgCl2.fcs · 8_c_LB01-spermin.fcs · 8b_LB01+spermin.fcs · 8b_LB01-spermin.fcs · 8b_Otto buffer.fcs · 8b_PBS.fcs · 8b_TE.fcs · 8b_TrisMgCl2.fcs · 8c_LB01+spermin.fcs · 8c_Otto buffer.fcs · 8c_PBS.fcs · 8c_TE.fcs · 8c_TrisMgCl2.fcs |
| · RNAse concentration | 35_0.fcs · 35_005.fcs · 35_007.fcs · 35_01.fcs · 35_015.fcs · 35_025.fcs · 35_05.fcs · 35_075.fcs · 35_1.fcs · 35_125.fcs · 8_0.fcs · 8_005.fcs · 8_007.fcs · 8_01.fcs · 8_015.fcs · 8_025.fcs · 8_05.fcs · 8_075.fcs · 8_1.fcs · 8_125.fcs · Specimen_24_05.fcs · Specimen_24_07.fcs · Specimen_24_10.fcs · Specimen_24_100.fcs · Specimen_24_125.fcs · Specimen_24_15.fcs · Specimen_24_25.fcs · Specimen_24_50.fcs · Specimen_24_75.fcs · Specimen_26_05.fcs · Specimen_26_07.fcs · Specimen_26_10.fcs · Specimen_26_100.fcs · Specimen_26_125.fcs · Specimen_26_15.fcs · Specimen_26_25.fcs · Specimen_26_50.fcs · Specimen_26_75.fcs · Specimen_modra_24_bezRNA.fcs · Specimen_modra_26_bezRNA.fcs |
| · Standard | CEA10_.fcs · CEA10_b.fcs · CEA10_c.fcs · CEA10_d.fcs · CEA10_e.fcs · S.cerevisiae.fcs · S.cerevisiae_b.fcs · S.cerevisiae_c.fcs |
| · Time of Fixaion | 15_24.fcs · 15_35.fcs · 15_7.fcs · 15_8.fcs · 15b_24.fcs · 15b_35.fcs · 15b_7.fcs · 15b_8.fcs · 15c_24.fcs · 15c_35.fcs · 15c_7.fcs · 15c_8.fcs · 30_24.fcs · 30_35.fcs · 30_7.fcs · 30_8.fcs · 30b_24.fcs · 30b_35.fcs · 30b_7.fcs · 30b_8.fcs · 30c_24.fcs · 30c_35.fcs · 30c_7.fcs · 30c_8.fcs · 60_24.fcs · 60_35.fcs · 60_7.fcs · 60_8.fcs · 60b_24.fcs · 60b_35.fcs · 60b_7.fcs · 60b_8.fcs · 60c_24.fcs · 60c_35.fcs · 60c_7.fcs · 60c_8.fcs · overnightb_24.fcs · overnightb_35.fcs · overnightb_7.fcs · overnightb_8.fcs · overnightc_24.fcs · overnightc_35.fcs · overnightc_7.fcs · overnightc_8.fcs |
| · RNAse Incubaion Time | 0_24.fcs · 0_35.fcs · 0_7.fcs · 0_8.fcs · 15_24.fcs-(1) · 15_35.fcs-(1) · 15_7.fcs-(1) · 15_8.fcs-(1) · 30_24.fcs-(1) · 30_35.fcs-(1) · 30_7.fcs-(1) · 30_8.fcs-(1) · 45_24.fcs · 45_35.fcs · 45_7.fcs · 45_8.fcs · 5_24.fcs · 5_35.fcs · 5_7.fcs · 5_8.fcs · 60_24.fcs-(1) · 60_35.fcs-(1) · 60_7.fcs-(1) · 60_8.fcs-(1) · 0_24rb.fcs · 0_24rc.fcs · 0_35rb.fcs · 0_35rc.fcs · 0_7rb.fcs · 0_7rc.fcs · 0_8rb.fcs · 0_8rc.fcs · 15_24rb.fcs · 15_24rc.fcs · 15_35rb.fcs · 15_35rc.fcs · 15_7rb.fcs · 15_7rc.fcs · 15_8rb.fcs · 15_8rc.fcs · 30_24rb.fcs · 30_24rc.fcs · 30_35rb.fcs · 30_35rc.fcs · 30_7rb.fcs · 30_7rc.fcs · 30_8rb.fcs · 30_8rc.fcs · 45_24rb.fcs · 45_24rc.fcs · 45_35rb.fcs · 45_35rc.fcs · 45_7rb.fcs · 45_7rc.fcs · 45_8rb.fcs · 45_8rc.fcs · 5_24rb.fcs · 5_24rc.fcs · 5_35rb.fcs · 5_35rc.fcs · 5_7rb.fcs · 5_7rc.fcs · 5_8rb.fcs · 5_8rc.fcs · 60_24rb.fcs · 60_24rc.fcs · 60_35rb.fcs · 60_35rc.fcs · 60_7rb.fcs · 60_7rc.fcs · 60_8rb.fcs · 60_8rc.fcs |
