Experiment Overview
| Repository ID: | FR-FCM-ZZZU | Experiment name: | HEUvsUE, FlowCAP-II | MIFlowCyt score: | 97.12% |
| Primary researcher: | Nima Aghaeepour | PI/manager: | Nima Aghaeepour | Uploaded by: | Radina Droumeva |
| Experiment dates: | 2009-06-01 - 2010-12-10 | Dataset uploaded: | Feb 2012 | Last updated: | Jan 2013 |
| Keywords: | [Classification] [Bioinformatics] [HIV exposed but uninfected] [HIV unexposed] | Manuscripts: | [23396282] [PMC3906045] |
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| Organizations: |
University of British Columbia, Kollmann Lab, Vancouver, BC (Canada)
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| Purpose: | To evaluate computational pipelines for identification of cell populations that can discriminate between HIV-EXPOSED-UNINFECTED and UN-EXPOSED infants. | ||||
| Conclusion: | See the FlowCAP manuscript | ||||
| Comments: | None | ||||
| Funding: | Not disclosed | ||||
| Quality control: | Unstipulated controls were set up for each condition tested. Single stain controls were set up by staining 3 ul of Anti-Mouse Ig CompBeads (BD #552843) and 3 ul of anti-FBS negative control beads (included with BD #552843) with 3ul of each antibody used. | ||||
Experiment variables
| Conditions | |
|---|---|
| · HEU | 0022.FCS · 0023.FCS · 0024.FCS · 0025.FCS · 0026.FCS · 0027.FCS · 0028.FCS · 0029.FCS · 0030.FCS · 0031.FCS · 0032.FCS · 0033.FCS · 0034.FCS · 0035.FCS · 0036.FCS · 0037.FCS · 0038.FCS · 0039.FCS · 0040.FCS · 0041.FCS · 0042.FCS · 0043.FCS · 0044.FCS · 0045.FCS · 0046.FCS · 0047.FCS · 0048.FCS · 0049.FCS · 0050.FCS · 0051.FCS · 0052.FCS · 0053.FCS · 0054.FCS · 0055.FCS · 0056.FCS · 0057.FCS · 0058.FCS · 0059.FCS · 0060.FCS · 0061.FCS · 0062.FCS · 0063.FCS · 0071.FCS · 0072.FCS · 0073.FCS · 0074.FCS · 0075.FCS · 0076.FCS · 0077.FCS · 0106.FCS · 0107.FCS · 0108.FCS · 0109.FCS · 0110.FCS · 0111.FCS · 0112.FCS · 0113.FCS · 0114.FCS · 0115.FCS · 0116.FCS · 0117.FCS · 0118.FCS · 0119.FCS · 0162.FCS · 0163.FCS · 0164.FCS · 0165.FCS · 0166.FCS · 0167.FCS · 0168.FCS · 0169.FCS · 0170.FCS · 0171.FCS · 0172.FCS · 0173.FCS · 0174.FCS · 0175.FCS · 0176.FCS · 0177.FCS · 0178.FCS · 0179.FCS · 0180.FCS · 0181.FCS · 0182.FCS · 0190.FCS · 0191.FCS · 0192.FCS · 0193.FCS · 0194.FCS · 0195.FCS · 0196.FCS · 0218.FCS · 0219.FCS · 0220.FCS · 0221.FCS · 0222.FCS · 0223.FCS · 0224.FCS · 0225.FCS · 0226.FCS · 0227.FCS · 0228.FCS · 0229.FCS · 0230.FCS · 0231.FCS · 0232.FCS · 0233.FCS · 0234.FCS · 0235.FCS · 0236.FCS · 0237.FCS · 0238.FCS · 0239.FCS · 0240.FCS · 0241.FCS · 0242.FCS · 0243.FCS · 0244.FCS · 0245.FCS · 0260.FCS · 0261.FCS · 0262.FCS · 0263.FCS · 0264.FCS · 0265.FCS · 0266.FCS · 0274.FCS · 0275.FCS · 0276.FCS · 0277.FCS · 0278.FCS · 0279.FCS · 0280.FCS · 0281.FCS · 0282.FCS · 0283.FCS · 0284.FCS · 0285.FCS · 0286.FCS · 0287.FCS |
| · UE | 0001.FCS · 0002.FCS · 0003.FCS · 0004.FCS · 0005.FCS · 0006.FCS · 0007.FCS · 0008.FCS · 0009.FCS · 0010.FCS · 0011.FCS · 0012.FCS · 0013.FCS · 0014.FCS · 0015.FCS · 0016.FCS · 0017.FCS · 0018.FCS · 0019.FCS · 0020.FCS · 0021.FCS · 0064.FCS · 0065.FCS · 0066.FCS · 0067.FCS · 0068.FCS · 0069.FCS · 0070.FCS · 0078.FCS · 0079.FCS · 0080.FCS · 0081.FCS · 0082.FCS · 0083.FCS · 0084.FCS · 0085.FCS · 0086.FCS · 0087.FCS · 0088.FCS · 0089.FCS · 0090.FCS · 0091.FCS · 0092.FCS · 0093.FCS · 0094.FCS · 0095.FCS · 0096.FCS · 0097.FCS · 0098.FCS · 0099.FCS · 0100.FCS · 0101.FCS · 0102.FCS · 0103.FCS · 0104.FCS · 0105.FCS · 0120.FCS · 0121.FCS · 0122.FCS · 0123.FCS · 0124.FCS · 0125.FCS · 0126.FCS · 0127.FCS · 0128.FCS · 0129.FCS · 0130.FCS · 0131.FCS · 0132.FCS · 0133.FCS · 0134.FCS · 0135.FCS · 0136.FCS · 0137.FCS · 0138.FCS · 0139.FCS · 0140.FCS · 0141.FCS · 0142.FCS · 0143.FCS · 0144.FCS · 0145.FCS · 0146.FCS · 0147.FCS · 0148.FCS · 0149.FCS · 0150.FCS · 0151.FCS · 0152.FCS · 0153.FCS · 0154.FCS · 0155.FCS · 0156.FCS · 0157.FCS · 0158.FCS · 0159.FCS · 0160.FCS · 0161.FCS · 0183.FCS · 0184.FCS · 0185.FCS · 0186.FCS · 0187.FCS · 0188.FCS · 0189.FCS · 0197.FCS · 0198.FCS · 0199.FCS · 0200.FCS · 0201.FCS · 0202.FCS · 0203.FCS · 0204.FCS · 0205.FCS · 0206.FCS · 0207.FCS · 0208.FCS · 0209.FCS · 0210.FCS · 0211.FCS · 0212.FCS · 0213.FCS · 0214.FCS · 0215.FCS · 0216.FCS · 0217.FCS · 0246.FCS · 0247.FCS · 0248.FCS · 0249.FCS · 0250.FCS · 0251.FCS · 0252.FCS · 0253.FCS · 0254.FCS · 0255.FCS · 0256.FCS · 0257.FCS · 0258.FCS · 0259.FCS · 0267.FCS · 0268.FCS · 0269.FCS · 0270.FCS · 0271.FCS · 0272.FCS · 0273.FCS · 0288.FCS · 0289.FCS · 0290.FCS · 0291.FCS · 0292.FCS · 0293.FCS · 0294.FCS · 0295.FCS · 0296.FCS · 0297.FCS · 0298.FCS · 0299.FCS · 0300.FCS · 0301.FCS · 0302.FCS · 0303.FCS · 0304.FCS · 0305.FCS · 0306.FCS · 0307.FCS · 0308.FCS |
| Doses | |
|---|---|
| · CPG | 0007.FCS · 0014.FCS · 0021.FCS · 0028.FCS · 0035.FCS · 0042.FCS · 0049.FCS · 0056.FCS · 0063.FCS · 0070.FCS · 0077.FCS · 0084.FCS · 0091.FCS · 0098.FCS · 0105.FCS · 0112.FCS · 0119.FCS · 0126.FCS · 0133.FCS · 0140.FCS · 0147.FCS · 0154.FCS · 0161.FCS · 0168.FCS · 0175.FCS · 0182.FCS · 0189.FCS · 0196.FCS · 0203.FCS · 0210.FCS · 0217.FCS · 0224.FCS · 0231.FCS · 0238.FCS · 0245.FCS · 0252.FCS · 0259.FCS · 0266.FCS · 0273.FCS · 0280.FCS · 0287.FCS · 0294.FCS · 0301.FCS · 0308.FCS |
| · PIC | 0006.FCS · 0013.FCS · 0020.FCS · 0027.FCS · 0034.FCS · 0041.FCS · 0048.FCS · 0055.FCS · 0062.FCS · 0069.FCS · 0076.FCS · 0083.FCS · 0090.FCS · 0097.FCS · 0104.FCS · 0111.FCS · 0118.FCS · 0125.FCS · 0132.FCS · 0139.FCS · 0146.FCS · 0153.FCS · 0160.FCS · 0167.FCS · 0174.FCS · 0181.FCS · 0188.FCS · 0195.FCS · 0202.FCS · 0209.FCS · 0216.FCS · 0223.FCS · 0230.FCS · 0237.FCS · 0244.FCS · 0251.FCS · 0258.FCS · 0265.FCS · 0272.FCS · 0279.FCS · 0286.FCS · 0293.FCS · 0300.FCS · 0307.FCS |
| · PG | 0005.FCS · 0012.FCS · 0019.FCS · 0026.FCS · 0033.FCS · 0040.FCS · 0047.FCS · 0054.FCS · 0061.FCS · 0068.FCS · 0075.FCS · 0082.FCS · 0089.FCS · 0096.FCS · 0103.FCS · 0110.FCS · 0117.FCS · 0124.FCS · 0131.FCS · 0138.FCS · 0145.FCS · 0152.FCS · 0159.FCS · 0166.FCS · 0173.FCS · 0180.FCS · 0187.FCS · 0194.FCS · 0201.FCS · 0208.FCS · 0215.FCS · 0222.FCS · 0229.FCS · 0236.FCS · 0243.FCS · 0250.FCS · 0257.FCS · 0264.FCS · 0271.FCS · 0278.FCS · 0285.FCS · 0292.FCS · 0299.FCS · 0306.FCS |
| · R848 | 0004.FCS · 0011.FCS · 0018.FCS · 0025.FCS · 0032.FCS · 0039.FCS · 0046.FCS · 0053.FCS · 0060.FCS · 0067.FCS · 0074.FCS · 0081.FCS · 0088.FCS · 0095.FCS · 0102.FCS · 0109.FCS · 0116.FCS · 0123.FCS · 0130.FCS · 0137.FCS · 0144.FCS · 0151.FCS · 0158.FCS · 0165.FCS · 0172.FCS · 0179.FCS · 0186.FCS · 0193.FCS · 0200.FCS · 0207.FCS · 0214.FCS · 0221.FCS · 0228.FCS · 0235.FCS · 0242.FCS · 0249.FCS · 0256.FCS · 0263.FCS · 0270.FCS · 0277.FCS · 0284.FCS · 0291.FCS · 0298.FCS · 0305.FCS |
| · LPS | 0003.FCS · 0010.FCS · 0017.FCS · 0024.FCS · 0031.FCS · 0038.FCS · 0045.FCS · 0052.FCS · 0059.FCS · 0066.FCS · 0073.FCS · 0080.FCS · 0087.FCS · 0094.FCS · 0101.FCS · 0108.FCS · 0115.FCS · 0122.FCS · 0129.FCS · 0136.FCS · 0143.FCS · 0150.FCS · 0157.FCS · 0164.FCS · 0171.FCS · 0178.FCS · 0185.FCS · 0192.FCS · 0199.FCS · 0206.FCS · 0213.FCS · 0220.FCS · 0227.FCS · 0234.FCS · 0241.FCS · 0248.FCS · 0255.FCS · 0262.FCS · 0269.FCS · 0276.FCS · 0283.FCS · 0290.FCS · 0297.FCS · 0304.FCS |
| · PAM | 0002.FCS · 0009.FCS · 0016.FCS · 0023.FCS · 0030.FCS · 0037.FCS · 0044.FCS · 0051.FCS · 0058.FCS · 0065.FCS · 0072.FCS · 0079.FCS · 0086.FCS · 0093.FCS · 0100.FCS · 0107.FCS · 0114.FCS · 0121.FCS · 0128.FCS · 0135.FCS · 0142.FCS · 0149.FCS · 0156.FCS · 0163.FCS · 0170.FCS · 0177.FCS · 0184.FCS · 0191.FCS · 0198.FCS · 0205.FCS · 0212.FCS · 0219.FCS · 0226.FCS · 0233.FCS · 0240.FCS · 0247.FCS · 0254.FCS · 0261.FCS · 0268.FCS · 0275.FCS · 0282.FCS · 0289.FCS · 0296.FCS · 0303.FCS |
| · unstim | 0001.FCS · 0008.FCS · 0015.FCS · 0022.FCS · 0029.FCS · 0036.FCS · 0043.FCS · 0050.FCS · 0057.FCS · 0064.FCS · 0071.FCS · 0078.FCS · 0085.FCS · 0092.FCS · 0099.FCS · 0106.FCS · 0113.FCS · 0120.FCS · 0127.FCS · 0134.FCS · 0141.FCS · 0148.FCS · 0155.FCS · 0162.FCS · 0169.FCS · 0176.FCS · 0183.FCS · 0190.FCS · 0197.FCS · 0204.FCS · 0211.FCS · 0218.FCS · 0225.FCS · 0232.FCS · 0239.FCS · 0246.FCS · 0253.FCS · 0260.FCS · 0267.FCS · 0274.FCS · 0281.FCS · 0288.FCS · 0295.FCS · 0302.FCS |
| Individuals | |
|---|---|
| · 1 | 0141.FCS · 0142.FCS · 0143.FCS · 0144.FCS · 0145.FCS · 0146.FCS · 0147.FCS |
| · 2 | 0155.FCS · 0156.FCS · 0157.FCS · 0158.FCS · 0159.FCS · 0160.FCS · 0161.FCS |
| · 3 | 0057.FCS · 0058.FCS · 0059.FCS · 0060.FCS · 0061.FCS · 0062.FCS · 0063.FCS |
| · 4 | 0099.FCS · 0100.FCS · 0101.FCS · 0102.FCS · 0103.FCS · 0104.FCS · 0105.FCS |
| · 5 | 0288.FCS · 0289.FCS · 0290.FCS · 0291.FCS · 0292.FCS · 0293.FCS · 0294.FCS |
| · 6 | 0078.FCS · 0079.FCS · 0080.FCS · 0081.FCS · 0082.FCS · 0083.FCS · 0084.FCS |
| · 7 | 0064.FCS · 0065.FCS · 0066.FCS · 0067.FCS · 0068.FCS · 0069.FCS · 0070.FCS |
| · 8 | 0008.FCS · 0009.FCS · 0010.FCS · 0011.FCS · 0012.FCS · 0013.FCS · 0014.FCS |
| · 9 | 0148.FCS · 0149.FCS · 0150.FCS · 0151.FCS · 0152.FCS · 0153.FCS · 0154.FCS |
| · 10 | 0071.FCS · 0072.FCS · 0073.FCS · 0074.FCS · 0075.FCS · 0076.FCS · 0077.FCS |
| · 11 | 0134.FCS · 0135.FCS · 0136.FCS · 0137.FCS · 0138.FCS · 0139.FCS · 0140.FCS |
| · 12 | 0239.FCS · 0240.FCS · 0241.FCS · 0242.FCS · 0243.FCS · 0244.FCS · 0245.FCS |
| · 13 | 0043.FCS · 0044.FCS · 0045.FCS · 0046.FCS · 0047.FCS · 0048.FCS · 0049.FCS |
| · 14 | 0246.FCS · 0247.FCS · 0248.FCS · 0249.FCS · 0250.FCS · 0251.FCS · 0252.FCS |
| · 15 | 0253.FCS · 0254.FCS · 0255.FCS · 0256.FCS · 0257.FCS · 0258.FCS · 0259.FCS |
| · 16 | 0232.FCS · 0233.FCS · 0234.FCS · 0235.FCS · 0236.FCS · 0237.FCS · 0238.FCS |
| · 17 | 0281.FCS · 0282.FCS · 0283.FCS · 0284.FCS · 0285.FCS · 0286.FCS · 0287.FCS |
| · 18 | 0197.FCS · 0198.FCS · 0199.FCS · 0200.FCS · 0201.FCS · 0202.FCS · 0203.FCS |
| · 19 | 0036.FCS · 0037.FCS · 0038.FCS · 0039.FCS · 0040.FCS · 0041.FCS · 0042.FCS |
| · 20 | 0274.FCS · 0275.FCS · 0276.FCS · 0277.FCS · 0278.FCS · 0279.FCS · 0280.FCS |
| · 21 | 0001.FCS · 0002.FCS · 0003.FCS · 0004.FCS · 0005.FCS · 0006.FCS · 0007.FCS |
| · 22 | 0225.FCS · 0226.FCS · 0227.FCS · 0228.FCS · 0229.FCS · 0230.FCS · 0231.FCS |
| · 23 | 0218.FCS · 0219.FCS · 0220.FCS · 0221.FCS · 0222.FCS · 0223.FCS · 0224.FCS |
| · 24 | 0267.FCS · 0268.FCS · 0269.FCS · 0270.FCS · 0271.FCS · 0272.FCS · 0273.FCS |
| · 25 | 0127.FCS · 0128.FCS · 0129.FCS · 0130.FCS · 0131.FCS · 0132.FCS · 0133.FCS |
| · 26 | 0050.FCS · 0051.FCS · 0052.FCS · 0053.FCS · 0054.FCS · 0055.FCS · 0056.FCS |
| · 27 | 0092.FCS · 0093.FCS · 0094.FCS · 0095.FCS · 0096.FCS · 0097.FCS · 0098.FCS |
| · 28 | 0190.FCS · 0191.FCS · 0192.FCS · 0193.FCS · 0194.FCS · 0195.FCS · 0196.FCS |
| · 29 | 0162.FCS · 0163.FCS · 0164.FCS · 0165.FCS · 0166.FCS · 0167.FCS · 0168.FCS |
| · 30 | 0085.FCS · 0086.FCS · 0087.FCS · 0088.FCS · 0089.FCS · 0090.FCS · 0091.FCS |
| · 31 | 0120.FCS · 0121.FCS · 0122.FCS · 0123.FCS · 0124.FCS · 0125.FCS · 0126.FCS |
| · 32 | 0211.FCS · 0212.FCS · 0213.FCS · 0214.FCS · 0215.FCS · 0216.FCS · 0217.FCS |
| · 33 | 0302.FCS · 0303.FCS · 0304.FCS · 0305.FCS · 0306.FCS · 0307.FCS · 0308.FCS |
| · 34 | 0204.FCS · 0205.FCS · 0206.FCS · 0207.FCS · 0208.FCS · 0209.FCS · 0210.FCS |
| · 35 | 0183.FCS · 0184.FCS · 0185.FCS · 0186.FCS · 0187.FCS · 0188.FCS · 0189.FCS |
| · 36 | 0022.FCS · 0023.FCS · 0024.FCS · 0025.FCS · 0026.FCS · 0027.FCS · 0028.FCS |
| · 37 | 0015.FCS · 0016.FCS · 0017.FCS · 0018.FCS · 0019.FCS · 0020.FCS · 0021.FCS |
| · 38 | 0260.FCS · 0261.FCS · 0262.FCS · 0263.FCS · 0264.FCS · 0265.FCS · 0266.FCS |
| · 39 | 0029.FCS · 0030.FCS · 0031.FCS · 0032.FCS · 0033.FCS · 0034.FCS · 0035.FCS |
| · 40 | 0295.FCS · 0296.FCS · 0297.FCS · 0298.FCS · 0299.FCS · 0300.FCS · 0301.FCS |
| · 41 | 0176.FCS · 0177.FCS · 0178.FCS · 0179.FCS · 0180.FCS · 0181.FCS · 0182.FCS |
| · 42 | 0113.FCS · 0114.FCS · 0115.FCS · 0116.FCS · 0117.FCS · 0118.FCS · 0119.FCS |
| · 43 | 0106.FCS · 0107.FCS · 0108.FCS · 0109.FCS · 0110.FCS · 0111.FCS · 0112.FCS |
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