Experiment Overview
| Repository ID: | FR-FCM-Z2MC | Experiment name: | An integrated multi-omic single cell atlas of human B cell identity | MIFlowCyt score: | 46.25% |
| Primary researcher: | David Glass | PI/manager: | David Glass | Uploaded by: | David Glass |
| Experiment dates: | 2020-05-26 - | Dataset uploaded: | May 2020 | Last updated: | Jul 2020 |
| Keywords: | [B cells] [human] [mass cytometry] | Manuscripts: | |||
| Organizations: |
Stanford University School of Medicine, Pathology, Palo Alto, CA (USA)
|
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| Purpose: | Cytometry data related to "An integrated multi-omic single cell atlas of human B cell identity". https://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(20)30268-5 | ||||
| Conclusion: | None | ||||
| Comments: | None | ||||
| Funding: | Not disclosed | ||||
| Quality control: | None | ||||
Experiment variables
| Doses | |
|---|---|
| · 0 | kappa_A0_Actual IgA IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgD IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgG IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgM IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgMD IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual ND IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgA IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgD IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgG IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgM IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgMD IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual ND IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgA IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgD IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgG IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgM IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgMD IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual ND IgL-_C0.fcs.fcs |
| · 0.5 | kappa_A05_Actual IgA IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgD IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgG IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgM IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgMD IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual ND IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgA IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgD IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgG IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgM IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgMD IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual ND IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgA IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgD IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgG IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgM IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgMD IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual ND IgL-_C05.fcs.fcs |
| · 1 | kappa_A1_Actual IgA IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgD IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgG IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgM IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgMD IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual ND IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgA IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgD IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgG IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgM IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgMD IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual ND IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgA IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgD IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgG IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgM IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgMD IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual ND IgL-_C1.fcs.fcs |
| Individuals | |
|---|---|
| · surface_1 | PB929_normalized_B cells.fcs · PB929_normalized_Naive.fcs · PB929_normalized_Non-switched.fcs · PB929_normalized_Plasmablast.fcs · PB929_normalized_Switched.fcs · PB929_normalized_Transitional.fcs |
| · surface_2 | PB930_normalized_B cells.fcs · PB930_normalized_Naive.fcs · PB930_normalized_Non-switched.fcs · PB930_normalized_Plasmablast.fcs · PB930_normalized_Switched.fcs · PB930_normalized_Transitional.fcs |
| · surface_3 | PB931_normalized_B cells.fcs · PB931_normalized_Naive.fcs · PB931_normalized_Non-switched.fcs · PB931_normalized_Plasmablast.fcs · PB931_normalized_Switched.fcs · PB931_normalized_Transitional.fcs |
| · metabolism_1 | de_pbmc_16_B cells.fcs |
| · metabolism_2 | de_pbmc_17_B cells.fcs |
| · metabolism_3 | de_pbmc_23_B cells.fcs |
| · signaling_1 | kappa_A05_Actual IgA IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgD IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgG IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgM IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgMD IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual ND IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgA IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgD IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgG IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgM IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgMD IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual ND IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgA IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgD IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgG IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgM IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgMD IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual ND IgL-_A1.fcs.fcs |
| · signaling_2 | kappa_B05_Actual IgA IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgD IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgG IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgM IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgMD IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual ND IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgA IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgD IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgG IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgM IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgMD IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual ND IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgA IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgD IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgG IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgM IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgMD IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual ND IgL-_B1.fcs.fcs |
| · signaling_3 | kappa_C05_Actual IgA IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgD IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgG IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgM IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgMD IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual ND IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgA IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgD IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgG IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgM IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgMD IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual ND IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgA IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgD IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgG IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgM IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgMD IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual ND IgL-_C1.fcs.fcs |
| · tissue_1 | PheB_Tissue_PB1_B cells.fcs |
| · tissue_2 | PheB_Tissue_PB2_B cells.fcs |
| · tissue_3 | PheB_Tissue_PB3_B cells.fcs |
| · tissue_4 | PheB_Tissue_PB4_B cells.fcs |
| · tissue_5 | PheB_Tissue_BM1_B cells.fcs |
| · tissue_6 | PheB_Tissue_BM2_B cells.fcs |
| · tissue_7 | PheB_Tissue_BM3_B cells.fcs |
| · tissue_8 | PheB_Tissue_T1_B cells.fcs |
| · tissue_9 | PheB_Tissue_T2_B cells.fcs |
| · tissue_10 | PheB_Tissue_T3_B cells.fcs |
| · tissue_11 | PheB_Tissue_LN1_B cells.fcs |
| · biosynthesis_1 | CD_G-PB-30_B cells_G-PB-30.fcs.fcs |
| · biosynthesis_2 | CD_H-PB-30_B cells_H-PB-30.fcs.fcs |
| · biosynthesis_3 | CD_I-PB-30_B cells_I-PB-30.fcs.fcs |
| Sample Type | |
|---|---|
| · B cells | CD_G-PB-30_B cells_G-PB-30.fcs.fcs · CD_H-PB-30_B cells_H-PB-30.fcs.fcs · CD_I-PB-30_B cells_I-PB-30.fcs.fcs · PB929_normalized_B cells.fcs · PB929_normalized_Naive.fcs · PB929_normalized_Non-switched.fcs · PB929_normalized_Plasmablast.fcs · PB929_normalized_Switched.fcs · PB929_normalized_Transitional.fcs · PB930_normalized_B cells.fcs · PB930_normalized_Naive.fcs · PB930_normalized_Non-switched.fcs · PB930_normalized_Plasmablast.fcs · PB930_normalized_Switched.fcs · PB930_normalized_Transitional.fcs · PB931_normalized_B cells.fcs · PB931_normalized_Naive.fcs · PB931_normalized_Non-switched.fcs · PB931_normalized_Plasmablast.fcs · PB931_normalized_Switched.fcs · PB931_normalized_Transitional.fcs · PheB_Tissue_BM1_B cells.fcs · PheB_Tissue_BM2_B cells.fcs · PheB_Tissue_BM3_B cells.fcs · PheB_Tissue_LN1_B cells.fcs · PheB_Tissue_PB1_B cells.fcs · PheB_Tissue_PB2_B cells.fcs · PheB_Tissue_PB3_B cells.fcs · PheB_Tissue_PB4_B cells.fcs · PheB_Tissue_T1_B cells.fcs · PheB_Tissue_T2_B cells.fcs · PheB_Tissue_T3_B cells.fcs · de_pbmc_16_B cells.fcs · de_pbmc_17_B cells.fcs · de_pbmc_23_B cells.fcs |
| · IgD | kappa_A05_Actual IgD IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgD IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgD IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgD IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgD IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgD IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgD IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgD IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgD IgL-_C1.fcs.fcs |
| · IgMD | kappa_A05_Actual IgMD IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgMD IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgMD IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgMD IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgMD IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgMD IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgMD IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgMD IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgMD IgL-_C1.fcs.fcs |
| · IgM | kappa_A05_Actual IgM IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgM IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgM IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgM IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgM IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgM IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgM IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgM IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgM IgL-_C1.fcs.fcs |
| · IgG | kappa_A05_Actual IgG IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgG IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgG IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgG IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgG IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgG IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgG IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgG IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgG IgL-_C1.fcs.fcs |
| · IgA | kappa_A05_Actual IgA IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgA IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgA IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgA IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgA IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgA IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgA IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgA IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgA IgL-_C1.fcs.fcs |
| · ND | kappa_A05_Actual ND IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A0_Actual ND IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A1_Actual ND IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_B05_Actual ND IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B0_Actual ND IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B1_Actual ND IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_C05_Actual ND IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C0_Actual ND IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C1_Actual ND IgL-_C1.fcs.fcs |
| Conditions | |
|---|---|
| · Peripheral blood | CD_G-PB-30_B cells_G-PB-30.fcs.fcs · CD_H-PB-30_B cells_H-PB-30.fcs.fcs · CD_I-PB-30_B cells_I-PB-30.fcs.fcs · PB929_normalized_B cells.fcs · PB929_normalized_Naive.fcs · PB929_normalized_Non-switched.fcs · PB929_normalized_Plasmablast.fcs · PB929_normalized_Switched.fcs · PB929_normalized_Transitional.fcs · PB930_normalized_B cells.fcs · PB930_normalized_Naive.fcs · PB930_normalized_Non-switched.fcs · PB930_normalized_Plasmablast.fcs · PB930_normalized_Switched.fcs · PB930_normalized_Transitional.fcs · PB931_normalized_B cells.fcs · PB931_normalized_Naive.fcs · PB931_normalized_Non-switched.fcs · PB931_normalized_Plasmablast.fcs · PB931_normalized_Switched.fcs · PB931_normalized_Transitional.fcs · PheB_Tissue_PB1_B cells.fcs · PheB_Tissue_PB2_B cells.fcs · PheB_Tissue_PB3_B cells.fcs · PheB_Tissue_PB4_B cells.fcs · de_pbmc_16_B cells.fcs · de_pbmc_17_B cells.fcs · de_pbmc_23_B cells.fcs · kappa_A05_Actual IgA IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgD IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgG IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgM IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual IgMD IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A05_Actual ND IgL-_A05.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgA IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgD IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgG IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgM IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual IgMD IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A0_Actual ND IgL-_A0.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgA IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgD IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgG IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgM IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual IgMD IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_A1_Actual ND IgL-_A1.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgA IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgD IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgG IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgM IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual IgMD IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B05_Actual ND IgL-_B05.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgA IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgD IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgG IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgM IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual IgMD IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B0_Actual ND IgL-_B0.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgA IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgD IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgG IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgM IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual IgMD IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_B1_Actual ND IgL-_B1.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgA IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgD IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgG IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgM IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual IgMD IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C05_Actual ND IgL-_C05.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgA IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgD IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgG IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgM IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual IgMD IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C0_Actual ND IgL-_C0.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgA IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgD IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgG IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgM IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual IgMD IgL-_C1.fcs.fcs · kappa_C1_Actual ND IgL-_C1.fcs.fcs |
| · Tonsil | PheB_Tissue_T1_B cells.fcs · PheB_Tissue_T2_B cells.fcs · PheB_Tissue_T3_B cells.fcs |
| · Lymph Node | PheB_Tissue_LN1_B cells.fcs |
| · Bone marrow | PheB_Tissue_BM1_B cells.fcs · PheB_Tissue_BM2_B cells.fcs · PheB_Tissue_BM3_B cells.fcs |
