Experiment Overview
| Repository ID: | FR-FCM-Z4LV | Experiment name: | Origin of operons by insertion sequences | MIFlowCyt score: | 60.50% |
| Primary researcher: | Yuki Kanai | PI/manager: | Yuki Kanai | Uploaded by: | Yuki Kanai |
| Experiment dates: | 2021-04-01 - 2021-10-29 | Dataset uploaded: | Oct 2021 | Last updated: | Jan 2022 |
| Keywords: | [Evolution] [E. coli] [Insertion sequence] [Operon formation] [IEE] | Manuscripts: | [35066585] |
|
|
| Organizations: | None | ||||
| Purpose: | To select cells with a new operon formed by evolution. | ||||
| Conclusion: | IS3 deleted adjacent sequences and created a new operon. | ||||
| Comments: | None | ||||
| Funding: | Not disclosed | ||||
| Quality control: | Spherotech beads | ||||
Experiment variables
| Conditions | |
|---|---|
| · Beads | Exp1-1.fcs · Exp2-1.fcs · Exp3-1.fcs · Exp4-1.fcs · Exp5-1.fcs |
| · aTc+; Arabinose+ | Exp1-2.fcs · Exp2-2.fcs · Exp2-3.fcs · Exp2-4.fcs · Exp3-2.fcs · Exp4-10.fcs · Exp4-11.fcs · Exp4-12.fcs · Exp4-13.fcs · Exp4-18.fcs · Exp4-19.fcs · Exp4-2.fcs · Exp4-20.fcs · Exp4-21.fcs · Exp4-26.fcs · Exp4-27.fcs · Exp4-28.fcs · Exp4-29.fcs · Exp4-3.fcs · Exp4-34.fcs · Exp4-35.fcs · Exp4-36.fcs · Exp4-37.fcs · Exp4-4.fcs · Exp4-5.fcs |
| · aTc-; Arabinose- | Exp4-14.fcs · Exp4-15.fcs · Exp4-16.fcs · Exp4-17.fcs · Exp4-22.fcs · Exp4-23.fcs · Exp4-24.fcs · Exp4-25.fcs · Exp4-30.fcs · Exp4-31.fcs · Exp4-32.fcs · Exp4-33.fcs · Exp4-38.fcs · Exp4-39.fcs · Exp4-40.fcs · Exp4-41.fcs · Exp4-6.fcs · Exp4-7.fcs · Exp4-8.fcs · Exp4-9.fcs |
| · IPTG+ | Exp5-10.fcs · Exp5-11.fcs · Exp5-12.fcs · Exp5-13.fcs · Exp5-2.fcs · Exp5-26.fcs · Exp5-28.fcs · Exp5-3.fcs · Exp5-30.fcs · Exp5-4.fcs · Exp5-5.fcs · Exp5-6.fcs · Exp5-7.fcs · Exp5-8.fcs · Exp5-9.fcs |
| · IPTG�[ | Exp5-14.fcs · Exp5-15.fcs · Exp5-16.fcs · Exp5-17.fcs · Exp5-18.fcs · Exp5-19.fcs · Exp5-20.fcs · Exp5-21.fcs · Exp5-22.fcs · Exp5-23.fcs · Exp5-24.fcs · Exp5-25.fcs · Exp5-27.fcs · Exp5-29.fcs · Exp5-31.fcs |
| Doses | |
|---|---|
| · Beads | Exp1-1.fcs · Exp2-1.fcs · Exp3-1.fcs · Exp4-1.fcs · Exp5-1.fcs |
| · 50 nM; 0.1 % | Exp1-2.fcs · Exp2-2.fcs · Exp2-3.fcs · Exp2-4.fcs · Exp3-2.fcs · Exp4-10.fcs · Exp4-11.fcs · Exp4-12.fcs · Exp4-13.fcs · Exp4-18.fcs · Exp4-19.fcs · Exp4-2.fcs · Exp4-20.fcs · Exp4-21.fcs · Exp4-26.fcs · Exp4-27.fcs · Exp4-28.fcs · Exp4-29.fcs · Exp4-3.fcs · Exp4-34.fcs · Exp4-35.fcs · Exp4-36.fcs · Exp4-37.fcs · Exp4-4.fcs · Exp4-5.fcs |
| · 0 nM; 0 % | Exp4-14.fcs · Exp4-15.fcs · Exp4-16.fcs · Exp4-17.fcs · Exp4-22.fcs · Exp4-23.fcs · Exp4-24.fcs · Exp4-25.fcs · Exp4-30.fcs · Exp4-31.fcs · Exp4-32.fcs · Exp4-33.fcs · Exp4-38.fcs · Exp4-39.fcs · Exp4-40.fcs · Exp4-41.fcs · Exp4-6.fcs · Exp4-7.fcs · Exp4-8.fcs · Exp4-9.fcs |
| · IPTG 100uM | Exp5-10.fcs · Exp5-11.fcs · Exp5-12.fcs · Exp5-13.fcs · Exp5-2.fcs · Exp5-26.fcs · Exp5-28.fcs · Exp5-3.fcs · Exp5-30.fcs · Exp5-4.fcs · Exp5-5.fcs · Exp5-6.fcs · Exp5-7.fcs · Exp5-8.fcs · Exp5-9.fcs |
| · IPTG 0uM | Exp5-14.fcs · Exp5-15.fcs · Exp5-16.fcs · Exp5-17.fcs · Exp5-18.fcs · Exp5-19.fcs · Exp5-20.fcs · Exp5-21.fcs · Exp5-22.fcs · Exp5-23.fcs · Exp5-24.fcs · Exp5-25.fcs · Exp5-27.fcs · Exp5-29.fcs · Exp5-31.fcs |
| Individuals | |
|---|---|
| · Beads | Exp1-1.fcs · Exp2-1.fcs · Exp3-1.fcs · Exp4-1.fcs · Exp5-1.fcs |
| · IEE+ Population 1 | Exp1-2.fcs |
| · IEE+ Population 2 | Exp2-2.fcs |
| · IEE+ Population 3 | Exp2-3.fcs |
| · IEE- Population 1 | Exp2-4.fcs |
| · IEE+ Population 4 | Exp3-2.fcs |
| · FCM1-1 | Exp4-2.fcs · Exp4-6.fcs |
| · FCM2-1 | Exp4-3.fcs · Exp4-7.fcs |
| · FCM3-1 | Exp4-4.fcs · Exp4-8.fcs |
| · FCM4-1 | Exp4-5.fcs · Exp4-9.fcs |
| · FCM1-2 | Exp4-10.fcs · Exp4-14.fcs |
| · FCM2-2 | Exp4-11.fcs · Exp4-15.fcs |
| · FCM3-2 | Exp4-12.fcs · Exp4-16.fcs |
| · FCM4-2 | Exp4-13.fcs · Exp4-17.fcs |
| · FCM1-3 | Exp4-18.fcs · Exp4-22.fcs |
| · FCM2-3 | Exp4-19.fcs · Exp4-23.fcs |
| · FCM3-3 | Exp4-20.fcs · Exp4-24.fcs |
| · FCM4-3 | Exp4-21.fcs · Exp4-25.fcs |
| · FCM1-4 | Exp4-26.fcs · Exp4-30.fcs |
| · FCM2-4 | Exp4-27.fcs · Exp4-31.fcs |
| · FCM3-4 | Exp4-28.fcs · Exp4-32.fcs |
| · FCM4-4 | Exp4-29.fcs · Exp4-33.fcs |
| · FCM1-5 | Exp4-34.fcs · Exp4-38.fcs |
| · FCM2-5 | Exp4-35.fcs · Exp4-39.fcs |
| · FCM3-5 | Exp4-36.fcs · Exp4-40.fcs |
| · FCM4-5 | Exp4-37.fcs · Exp4-41.fcs |
| · f | Exp5-10.fcs · Exp5-14.fcs · Exp5-18.fcs · Exp5-2.fcs · Exp5-22.fcs · Exp5-6.fcs |
| · e | Exp5-11.fcs · Exp5-15.fcs · Exp5-19.fcs · Exp5-23.fcs · Exp5-3.fcs · Exp5-7.fcs |
| · b | Exp5-12.fcs · Exp5-16.fcs · Exp5-20.fcs · Exp5-24.fcs · Exp5-4.fcs · Exp5-8.fcs |
| · anc | Exp5-13.fcs · Exp5-17.fcs · Exp5-21.fcs · Exp5-25.fcs · Exp5-5.fcs · Exp5-9.fcs |
| · g | Exp5-26.fcs · Exp5-27.fcs · Exp5-28.fcs · Exp5-29.fcs · Exp5-30.fcs · Exp5-31.fcs |
