Experiment Overview
| Repository ID: | FR-FCM-Z4RH | Experiment name: | Dysbiosis monitoring in healthy adults and patients with aggressive non-Hodgkin lymphoma during chemoimmunotherapy | MIFlowCyt score: | 24.00% |
| Primary researcher: | Maren Schmiester | PI/manager: | Maren Schmiester | Uploaded by: | Maren Schmiester |
| Experiment dates: | 2018-10-01 - 2020-04-01 | Dataset uploaded: | Jan 2022 | Last updated: | Aug 2022 |
| Keywords: | None | Manuscripts: | |||
| Organizations: | None | ||||
| Purpose: | The aim of this study was to longitudinally monitor the microbial composition of patients with aggressive non-Hodgkin lymphoma disease undergoing chemoimmunotherapy. Microbial diversity metrics obtained from 16S rRNA gene sequencing were compared to flow-cytometric microbial profiling. | ||||
| Conclusion: | None | ||||
| Comments: | None | ||||
| Funding: | Not disclosed | ||||
| Quality control: | Fluoresbrite BB Carboxylate microspheres 1 and 0.5 µm (Polyscience, USA) were used to align the instrumental settings. Calibration of optics and laser performance with eight peak Rainbow Calibration Particles (Spherotech Inc., USA) was performed at regular intervals during a measurement day. | ||||
Experiment variables
| Timepoints | |
|---|---|
| · 1 | FSC_Hoechst_003_E1.fcs · FSC_Hoechst_005_E1.fcs · FSC_Hoechst_006_E1.fcs · FSC_Hoechst_010_E1.fcs · FSC_Hoechst_013_E1.fcs · FSC_Hoechst_017_E1.fcs · FSC_Hoechst_022_E1.fcs · FSC_Hoechst_024_E1.fcs · FSC_Hoechst_029_E1.fcs · FSC_Hoechst_033_E1.fcs · FSC_Hoechst_403_E1.fcs · FSC_Hoechst_H11.fcs · FSC_Hoechst_H25.fcs · FSC_Hoechst_H3.fcs · FSC_Hoechst_H32.fcs · FSC_Hoechst_H33.fcs · FSC_Hoechst_H36.fcs · FSC_Hoechst_H4.fcs · FSC_Hoechst_H5.fcs · FSC_Hoechst_H54.fcs · FSC_Hoechst_H6.fcs · FSC_Hoechst_H1.fcs · FSC_Hoechst_H10.fcs · FSC_Hoechst_H14.fcs · FSC_Hoechst_H15.fcs · FSC_Hoechst_H17.fcs · FSC_Hoechst_H21.fcs · FSC_Hoechst_H23.fcs · FSC_Hoechst_H31.fcs · FSC_Hoechst_H34.fcs · FSC_Hoechst_H7.fcs · FSC_Hoechst_H19.fcs · FSC_Hoechst_H26.fcs · FSC_Hoechst_H35.fcs · FSC_Hoechst_H37.fcs · FSC_Hoechst_H38.fcs · FSC_Hoechst_H42.fcs · FSC_Hoechst_H43.fcs · FSC_Hoechst_H61.fcs · FSC_Hoechst_H8.fcs · FSC_Hoechst_H9.fcs |
| · 2 | FSC_Hoechst_004_E2.fcs · FSC_Hoechst_006_E2.fcs · FSC_Hoechst_010_E2.fcs · FSC_Hoechst_013_E2.fcs · FSC_Hoechst_017_E2.fcs · FSC_Hoechst_022_E2.fcs · FSC_Hoechst_024_E2.fcs · FSC_Hoechst_033_E2.fcs |
| · 3 | FSC_Hoechst_003_E3.fcs · FSC_Hoechst_004_E3.fcs · FSC_Hoechst_005_E3.fcs · FSC_Hoechst_006_E3.fcs · FSC_Hoechst_010_E3.fcs · FSC_Hoechst_013_E3.fcs · FSC_Hoechst_022_E3.fcs · FSC_Hoechst_024_E3.fcs · FSC_Hoechst_033_E3.fcs · FSC_Hoechst_403_E3.fcs |
| · 4 | FSC_Hoechst_003_E4a.fcs · FSC_Hoechst_004_E4a.fcs · FSC_Hoechst_005_E4a.fcs · FSC_Hoechst_006_E4a.fcs · FSC_Hoechst_010_E4a.fcs · FSC_Hoechst_022_E4a.fcs · FSC_Hoechst_024_E4a.fcs · FSC_Hoechst_029_E4a.fcs · FSC_Hoechst_033_E4a.fcs |
| · 5 | FSC_Hoechst_003_E5.fcs · FSC_Hoechst_004_E5.fcs · FSC_Hoechst_006_E5.fcs · FSC_Hoechst_013_E5.fcs · FSC_Hoechst_029_E5.fcs |
| · 6 | FSC_Hoechst_003_E6.fcs · FSC_Hoechst_004_E6.fcs · FSC_Hoechst_006_E6.fcs · FSC_Hoechst_010_E6.fcs · FSC_Hoechst_013_E6.fcs · FSC_Hoechst_024_E6.fcs · FSC_Hoechst_029_E6.fcs |
| · 7 | FSC_Hoechst_003_E7.fcs · FSC_Hoechst_005_E7.fcs · FSC_Hoechst_006_E7.fcs · FSC_Hoechst_013_E7.fcs · FSC_Hoechst_022_E7.fcs · FSC_Hoechst_029_E7.fcs |
| · 8 | FSC_Hoechst_003_E8.fcs · FSC_Hoechst_004_E8.fcs · FSC_Hoechst_013_E8.fcs |
| · 9 | FSC_Hoechst_003_E9.fcs · FSC_Hoechst_010_E9.fcs |
| · 10 | FSC_Hoechst_003_E10.fcs · FSC_Hoechst_004_E10.fcs · FSC_Hoechst_005_E10.fcs · FSC_Hoechst_006_E10.fcs · FSC_Hoechst_013_E10.fcs · FSC_Hoechst_029_E10.fcs |
| · 11 | FSC_Hoechst_003_E11.fcs · FSC_Hoechst_006_E11.fcs · FSC_Hoechst_013_E11.fcs · FSC_Hoechst_029_E11.fcs |
| · 12 | FSC_Hoechst_006_E12.fcs |
| · 13 | FSC_Hoechst_003_E13.fcs · FSC_Hoechst_013_E13.fcs |
| Individuals | |
|---|---|
| · 003 | FSC_Hoechst_003_E1.fcs · FSC_Hoechst_003_E10.fcs · FSC_Hoechst_003_E11.fcs · FSC_Hoechst_003_E13.fcs · FSC_Hoechst_003_E3.fcs · FSC_Hoechst_003_E4a.fcs · FSC_Hoechst_003_E5.fcs · FSC_Hoechst_003_E6.fcs · FSC_Hoechst_003_E7.fcs · FSC_Hoechst_003_E8.fcs · FSC_Hoechst_003_E9.fcs |
| · 004 | FSC_Hoechst_004_E10.fcs · FSC_Hoechst_004_E2.fcs · FSC_Hoechst_004_E3.fcs · FSC_Hoechst_004_E4a.fcs · FSC_Hoechst_004_E5.fcs · FSC_Hoechst_004_E6.fcs · FSC_Hoechst_004_E8.fcs |
| · 005 | FSC_Hoechst_005_E1.fcs · FSC_Hoechst_005_E10.fcs · FSC_Hoechst_005_E3.fcs · FSC_Hoechst_005_E4a.fcs · FSC_Hoechst_005_E7.fcs |
| · 006 | FSC_Hoechst_006_E1.fcs · FSC_Hoechst_006_E10.fcs · FSC_Hoechst_006_E11.fcs · FSC_Hoechst_006_E12.fcs · FSC_Hoechst_006_E2.fcs · FSC_Hoechst_006_E3.fcs · FSC_Hoechst_006_E4a.fcs · FSC_Hoechst_006_E5.fcs · FSC_Hoechst_006_E6.fcs · FSC_Hoechst_006_E7.fcs |
| · 010 | FSC_Hoechst_010_E1.fcs · FSC_Hoechst_010_E2.fcs · FSC_Hoechst_010_E3.fcs · FSC_Hoechst_010_E4a.fcs · FSC_Hoechst_010_E6.fcs · FSC_Hoechst_010_E9.fcs |
| · 013 | FSC_Hoechst_013_E1.fcs · FSC_Hoechst_013_E10.fcs · FSC_Hoechst_013_E11.fcs · FSC_Hoechst_013_E13.fcs · FSC_Hoechst_013_E2.fcs · FSC_Hoechst_013_E3.fcs · FSC_Hoechst_013_E5.fcs · FSC_Hoechst_013_E6.fcs · FSC_Hoechst_013_E7.fcs · FSC_Hoechst_013_E8.fcs |
| · 017 | FSC_Hoechst_017_E1.fcs · FSC_Hoechst_017_E2.fcs |
| · 022 | FSC_Hoechst_022_E1.fcs · FSC_Hoechst_022_E2.fcs · FSC_Hoechst_022_E3.fcs · FSC_Hoechst_022_E4a.fcs · FSC_Hoechst_022_E7.fcs |
| · 024 | FSC_Hoechst_024_E1.fcs · FSC_Hoechst_024_E2.fcs · FSC_Hoechst_024_E3.fcs · FSC_Hoechst_024_E4a.fcs · FSC_Hoechst_024_E6.fcs |
| · 029 | FSC_Hoechst_029_E1.fcs · FSC_Hoechst_029_E10.fcs · FSC_Hoechst_029_E11.fcs · FSC_Hoechst_029_E4a.fcs · FSC_Hoechst_029_E5.fcs · FSC_Hoechst_029_E6.fcs · FSC_Hoechst_029_E7.fcs |
| · 403 | FSC_Hoechst_403_E1.fcs · FSC_Hoechst_403_E3.fcs |
| · 033 | FSC_Hoechst_033_E1.fcs · FSC_Hoechst_033_E2.fcs · FSC_Hoechst_033_E3.fcs · FSC_Hoechst_033_E4a.fcs |
| · H11 | FSC_Hoechst_H11.fcs |
| · H25 | FSC_Hoechst_H25.fcs |
| · H3 | FSC_Hoechst_H3.fcs |
| · H33 | FSC_Hoechst_H33.fcs |
| · H32 | FSC_Hoechst_H32.fcs |
| · H36 | FSC_Hoechst_H36.fcs |
| · H4 | FSC_Hoechst_H4.fcs |
| · H5 | FSC_Hoechst_H5.fcs |
| · H54 | FSC_Hoechst_H54.fcs |
| · H6 | FSC_Hoechst_H6.fcs |
| · H1 | FSC_Hoechst_H1.fcs |
| · H10 | FSC_Hoechst_H10.fcs |
| · H14 | FSC_Hoechst_H14.fcs |
| · H15 | FSC_Hoechst_H15.fcs |
| · H17 | FSC_Hoechst_H17.fcs |
| · H19 | FSC_Hoechst_H19.fcs |
| · H21 | FSC_Hoechst_H21.fcs |
| · H23 | FSC_Hoechst_H23.fcs |
| · H26 | FSC_Hoechst_H26.fcs |
| · H31 | FSC_Hoechst_H31.fcs |
| · H34 | FSC_Hoechst_H34.fcs |
| · H35 | FSC_Hoechst_H35.fcs |
| · H37 | FSC_Hoechst_H37.fcs |
| · H38 | FSC_Hoechst_H38.fcs |
| · H42 | FSC_Hoechst_H42.fcs |
| · H43 | FSC_Hoechst_H43.fcs |
| · H7 | FSC_Hoechst_H7.fcs |
| · H8 | FSC_Hoechst_H8.fcs |
| · H9 | FSC_Hoechst_H9.fcs |
| · H61 | FSC_Hoechst_H61.fcs |
| Conditions | |
|---|---|
| · healthy | FSC_Hoechst_H11.fcs · FSC_Hoechst_H25.fcs · FSC_Hoechst_H3.fcs · FSC_Hoechst_H32.fcs · FSC_Hoechst_H33.fcs · FSC_Hoechst_H36.fcs · FSC_Hoechst_H4.fcs · FSC_Hoechst_H5.fcs · FSC_Hoechst_H54.fcs · FSC_Hoechst_H6.fcs · FSC_Hoechst_H1.fcs · FSC_Hoechst_H10.fcs · FSC_Hoechst_H14.fcs · FSC_Hoechst_H15.fcs · FSC_Hoechst_H17.fcs · FSC_Hoechst_H21.fcs · FSC_Hoechst_H23.fcs · FSC_Hoechst_H31.fcs · FSC_Hoechst_H34.fcs · FSC_Hoechst_H7.fcs · FSC_Hoechst_H19.fcs · FSC_Hoechst_H26.fcs · FSC_Hoechst_H35.fcs · FSC_Hoechst_H37.fcs · FSC_Hoechst_H38.fcs · FSC_Hoechst_H42.fcs · FSC_Hoechst_H43.fcs · FSC_Hoechst_H61.fcs · FSC_Hoechst_H8.fcs · FSC_Hoechst_H9.fcs |
| · patient | FSC_Hoechst_003_E1.fcs · FSC_Hoechst_003_E10.fcs · FSC_Hoechst_003_E11.fcs · FSC_Hoechst_003_E13.fcs · FSC_Hoechst_003_E3.fcs · FSC_Hoechst_003_E4a.fcs · FSC_Hoechst_003_E5.fcs · FSC_Hoechst_003_E6.fcs · FSC_Hoechst_003_E7.fcs · FSC_Hoechst_003_E8.fcs · FSC_Hoechst_003_E9.fcs · FSC_Hoechst_004_E10.fcs · FSC_Hoechst_004_E2.fcs · FSC_Hoechst_004_E3.fcs · FSC_Hoechst_004_E4a.fcs · FSC_Hoechst_004_E5.fcs · FSC_Hoechst_004_E6.fcs · FSC_Hoechst_004_E8.fcs · FSC_Hoechst_005_E1.fcs · FSC_Hoechst_005_E10.fcs · FSC_Hoechst_005_E3.fcs · FSC_Hoechst_005_E4a.fcs · FSC_Hoechst_005_E7.fcs · FSC_Hoechst_006_E1.fcs · FSC_Hoechst_006_E10.fcs · FSC_Hoechst_006_E11.fcs · FSC_Hoechst_006_E12.fcs · FSC_Hoechst_006_E2.fcs · FSC_Hoechst_006_E3.fcs · FSC_Hoechst_006_E4a.fcs · FSC_Hoechst_006_E5.fcs · FSC_Hoechst_006_E6.fcs · FSC_Hoechst_006_E7.fcs · FSC_Hoechst_010_E1.fcs · FSC_Hoechst_010_E2.fcs · FSC_Hoechst_010_E3.fcs · FSC_Hoechst_010_E4a.fcs · FSC_Hoechst_010_E6.fcs · FSC_Hoechst_010_E9.fcs · FSC_Hoechst_013_E1.fcs · FSC_Hoechst_013_E10.fcs · FSC_Hoechst_013_E11.fcs · FSC_Hoechst_013_E13.fcs · FSC_Hoechst_013_E2.fcs · FSC_Hoechst_013_E3.fcs · FSC_Hoechst_013_E5.fcs · FSC_Hoechst_013_E6.fcs · FSC_Hoechst_013_E7.fcs · FSC_Hoechst_013_E8.fcs · FSC_Hoechst_017_E1.fcs · FSC_Hoechst_017_E2.fcs · FSC_Hoechst_022_E1.fcs · FSC_Hoechst_022_E2.fcs · FSC_Hoechst_022_E3.fcs · FSC_Hoechst_022_E4a.fcs · FSC_Hoechst_022_E7.fcs · FSC_Hoechst_024_E1.fcs · FSC_Hoechst_024_E2.fcs · FSC_Hoechst_024_E3.fcs · FSC_Hoechst_024_E4a.fcs · FSC_Hoechst_024_E6.fcs · FSC_Hoechst_029_E1.fcs · FSC_Hoechst_029_E10.fcs · FSC_Hoechst_029_E11.fcs · FSC_Hoechst_029_E4a.fcs · FSC_Hoechst_029_E5.fcs · FSC_Hoechst_029_E6.fcs · FSC_Hoechst_029_E7.fcs · FSC_Hoechst_033_E1.fcs · FSC_Hoechst_033_E2.fcs · FSC_Hoechst_033_E3.fcs · FSC_Hoechst_033_E4a.fcs · FSC_Hoechst_403_E1.fcs · FSC_Hoechst_403_E3.fcs |
