Experiment Overview
| Repository ID: | FR-FCM-Z6PS | Experiment name: | Flow cytometry analyses_bone marrow stem and progenitor cells, spleen T, B and myeloid cells | MIFlowCyt score: | 99.99% |
| Primary researcher: | Peter K Jani | PI/manager: | Peter K Jani | Uploaded by: | Peter K Jani |
| Experiment dates: | 2016-11-10 - 2023-06-01 | Dataset uploaded: | Sep 2023 | Last updated: | Sep 2023 |
| Keywords: | [flow cytometry] [] [T cells] [myeloid cells] [granulocytes] [Unperturbed] [Short-term social stress perturbed] [miR-221/222-deficient] [HCS] [MPP1] [MPP2] [MPP3] [MPP4] [CMP] [MEP] [GMP] [miR-221/222] [CLP] | Manuscripts: | |||
| Organizations: |
Deutsches Rheuma-Forschungszentrum, Berlin, B lymphocyte development, Berlin, Berlin (Germany)
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| Purpose: | The analysis of the effects of miR-221/222 gene cluster on unperturbed, short-term social stress perturbed and transplantation-perturbed hematopoiesis in bone marrow and in peripheral lymphoid tissues of mice. | ||||
| Conclusion: | We compare pool sizes and single-cell transcriptomes of HSC and MPPs in unperturbed or stress-perturbed, miR-221/222-proficient or deficient states. MiR-221/222-deficiency in hematopoietic cells was induced in C57BL/6J mice by conditional vav-cre-mediated deletion of the floxed miR-221/222 gene cluster. Social stress as well as miR-221/222-deficiency, alone or in combination, reduced HSC pools 3-fold, increased MPPs 1.5-fold. It also enhanced granulopoisis in the spleen. Furthermore, combined stress and miR-221/222-deficiency increased the erythroid/myeloid/granulocytic precursor pools in bone marrow. Finally, stress by serial transplantations of miR-221/222-deficient HSC selectively exhausted their lymphoid differentiation capacities, while retaining their ability to home to BM and to differentiate to granulocytes. | ||||
| Comments: | None | ||||
| Funding: | As described in the publication | ||||
| Quality control: | The BD Fortessa flow cytometer was quality controlled daily by the staff of the flow cytometry core facility of the Institute. All reagents were titrated over a broad range of concentrations to ensure maximal performance. Internal controls were used as described in the online material. Briefly: Unstained and single stained controls were used for pre-experimental setup and for compensation. The flow cytometer was set up before experiments using nine-color beads (BD FACS, BD Biosciences, San Jose, CA, USA). Voltages were adjusted such that fluorescence intensity was identical for each antibody over the experiments. | ||||
Experiment variables
| Sample Type | |
|---|---|
| · unperturbed | 1NS_CRE1.fcs · 1NS_CRE2.fcs · 1NS_CRE3.fcs · 2NS_CRE4.fcs · 2NS_CRE5.fcs · 2NS_CRE6.fcs · 3NS_CRE7.fcs · 3NS_CRE8.fcs · 3NS_CRE9.fcs · 4NS_CRE10.fcs · 4NS_CRE11.fcs · 4NS_CRE12.fcs · 5NS_CRE13.fcs · 5NS_CRE14.fcs · 5NS_CRE15.fcs · 6NS_CRE16.fcs · 6NS_CRE17.fcs · 6NS_CRE18.fcs · 7NS_KO-CRE19.fcs · 7NS_KO-CRE20.fcs · 7NS_KO-CRE21.fcs · 8NS_KO-CRE22.fcs · 1NS_KO1.fcs · 1NS_KO2.fcs · 2NS_KO3.fcs · 2NS_KO4.fcs · 2NS_KO5.fcs · 3NS_KO6.fcs · 3NS_KO7.fcs · 4NS_KO10.fcs · 4NS_KO8.fcs · 4NS_KO9.fcs · 5NS_KO11.fcs · 5NS_KO12.fcs · 5NS_KO13.fcs · 6NS_KO14.fcs · 6NS_KO15.fcs · 6NS_KO16.fcs |
| · perturbed | 1S1_CRE1.fcs · 1S1_CRE2.fcs · 1S1_CRE3.fcs · 1S1_CRE4.fcs · 1S1_CRE5.fcs · 2S1_CRE6.fcs · 2S1_CRE7.fcs · 2S1_CRE8.fcs · 3S1_CRE10.fcs · 3S1_CRE11.fcs · 3S1_CRE12.fcs · 3S1_CRE13.fcs · 3S1_CRE9.fcs · 1S14_CRE1.fcs · 1S14_CRE2.fcs · 1S14_CRE3.fcs · 1S14_CRE4.fcs · 1S14_CRE5.fcs · 1S3_CRE1.fcs · 1S3_CRE2.fcs · 1S3_CRE3.fcs · 1S3_CRE4.fcs · 1S3_CRE5.fcs · 1S7_CRE1.fcs · 1S7_CRE2.fcs · 1S7_CRE3.fcs · 1S7_CRE4.fcs · 1S7_CRE5.fcs · 1S1_KO1.fcs · 1S1_KO2.fcs · 1S1_KO3.fcs · 1S1_KO4.fcs · 1S1_KO5.fcs |
| · unperturbed_spleen | SP1_659606_KO1.fcs · SP1_659607_KO2.fcs · SP1_659608_KO3.fcs · SP1_659609_CRE4.fcs · SP1_659610_CRE5.fcs · SP1_659611_CRE6.fcs · SP2_659621_KO1.fcs · SP2_659622_KO2.fcs · SP2_659623_KO3.fcs · SP2_659624_CRE4.fcs · SP2_659625_CRE5.fcs · SP2_659626_CRE6.fcs · spleen 1_cre4_034.fcs · spleen 1_cre5_035.fcs · spleen 1_cre6_036.fcs · spleen 1_ko1_031.fcs · spleen 1_ko2_032.fcs · spleen 1_ko3_033.fcs · spleen 2_cre4_040.fcs · spleen 2_cre5_041.fcs · spleen 2_cre6_042.fcs · spleen 2_ko1_037.fcs · spleen 2_ko2_038.fcs · spleen 2_ko3_039.fcs · spleen myeloid_cre1_011.fcs · spleen myeloid_cre2_012.fcs · spleen myeloid_cre3_013.fcs · spleen myeloid_ko1_014.fcs · spleen myeloid_ko2_015.fcs · spleen myeloid_ko3_016.fcs · spleen1_cre4.fcs · spleen1_cre5.fcs · spleen1_cre6.fcs · spleen1_ko1.fcs · spleen1_ko2.fcs · spleen1_ko3.fcs · spleen_cre3.fcs · spleen_cre4.fcs · spleen_ko1.fcs · spleen_ko2.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_CSpP2_001_080.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_CSpP2_002_081.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_CSpP2_003_082.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_KSpP2_001_088.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_KSpP2_002_089.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_KSpP2_003_090.fcs |
| · perturbed spleen | 2021-11-24_Stress-Nonstress_SCSpP2_001_075.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_SCSpP2_002_076.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_SCSpP2_003_077.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_SCSpP2_004_078.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_SCSpP2_005_079.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_SKSpP2_001_083.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_SKSpP2_002_084.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_SKSpP2_003_085.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_SKSpP2_004_086.fcs · 2021-11-24_Stress-Nonstress_SKSpP2_005_087.fcs |
| · BM progenitors | BM CLP_CRE1_008.fcs · BM CLP_CRE2_009.fcs · BM CLP_CRE3_010.fcs · BM CLP_KO1_011.fcs · BM CLP_KO2_012.fcs · BM CLP_KO3_013.fcs · BM CMP_CRE1_015.fcs · BM CMP_CRE2_016.fcs · BM CMP_CRE3_017.fcs · BM CMP_KO1_018.fcs · BM CMP_KO2_019.fcs · BM CMP_KO3_020.fcs · BM3_659591_KO1.fcs · BM3_659592_KO2.fcs · BM3_659593_KO3.fcs · BM3_659594_CRE4.fcs · BM3_659595_CRE5.fcs · BM3_659596_CRE6.fcs · bm1 pdc_cre4.fcs · bm1 pdc_cre5.fcs · bm1 pdc_cre6.fcs · bm1 pdc_ko1.fcs · bm1 pdc_ko2.fcs · bm1 pdc_ko3.fcs · bm2 cdp_cre4.fcs · bm2 cdp_cre5.fcs · bm2 cdp_cre6.fcs · bm2 cdp_ko1.fcs · bm2 cdp_ko2.fcs · bm2 cdp_ko3.fcs · bm3_cre4.fcs · bm3_cre5.fcs · bm3_cre6.fcs · bm3_ko1.fcs · bm3_ko2.fcs · bm3_ko3.fcs |
| · 1st_Transplanted_Blood_Spleen_Bone marrow | BLD_TP1_12WK_CRE1.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE10.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE11.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE2.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE3.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE4.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE5.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE6.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE7.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE8.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE9.fcs · BLD_TP1_12WK_KO1.fcs · BLD_TP1_12WK_KO10.fcs · BLD_TP1_12WK_KO11.fcs · BLD_TP1_12WK_KO12.fcs · BLD_TP1_12WK_KO2.fcs · BLD_TP1_12WK_KO3.fcs · BLD_TP1_12WK_KO4.fcs · BLD_TP1_12WK_KO5.fcs · BLD_TP1_12WK_KO6.fcs · BLD_TP1_12WK_KO7.fcs · BLD_TP1_12WK_KO8.fcs · BLD_TP1_12WK_KO9.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE1.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE10.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE11.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE2.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE3.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE4.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE5.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE6.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE7.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE8.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE9.fcs · BLD_TP1_4WK_KO1.fcs · BLD_TP1_4WK_KO10.fcs · BLD_TP1_4WK_KO11.fcs · BLD_TP1_4WK_KO12.fcs · BLD_TP1_4WK_KO2.fcs · BLD_TP1_4WK_KO3.fcs · BLD_TP1_4WK_KO4.fcs · BLD_TP1_4WK_KO5.fcs · BLD_TP1_4WK_KO6.fcs · BLD_TP1_4WK_KO7.fcs · BLD_TP1_4WK_KO8.fcs · BLD_TP1_4WK_KO9.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE1.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE10.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE11.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE2.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE3.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE4.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE5.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE6.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE7.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE8.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE9.fcs · BLD_TP1_8WK_KO1.fcs · BLD_TP1_8WK_KO10.fcs · BLD_TP1_8WK_KO11.fcs · BLD_TP1_8WK_KO12.fcs · BLD_TP1_8WK_KO2.fcs · BLD_TP1_8WK_KO3.fcs · BLD_TP1_8WK_KO4.fcs · BLD_TP1_8WK_KO5.fcs · BLD_TP1_8WK_KO6.fcs · BLD_TP1_8WK_KO7.fcs · BLD_TP1_8WK_KO8.fcs · BLD_TP1_8WK_KO9.fcs · BM_TP1_16WK_CRE1.fcs · BM_TP1_16WK_CRE2.fcs · BM_TP1_16WK_CRE3.fcs · BM_TP1_16WK_CRE4.fcs · BM_TP1_16WK_CRE5.fcs · BM_TP1_16WK_CRE6.fcs · BM_TP1_16WK_KO1.fcs · BM_TP1_16WK_KO2.fcs · BM_TP1_16WK_KO3.fcs · BM_TP1_16WK_KO4.fcs · BM_TP1_16WK_KO5.fcs · BM_TP1_16WK_KO6.fcs · SP1_TP1_16WK_CRE1.fcs · SP1_TP1_16WK_CRE2.fcs · SP1_TP1_16WK_CRE3.fcs · SP1_TP1_16WK_CRE4.fcs · SP1_TP1_16WK_CRE5.fcs · SP1_TP1_16WK_CRE6.fcs · SP1_TP1_16WK_KO1.fcs · SP1_TP1_16WK_KO2.fcs · SP1_TP1_16WK_KO3.fcs · SP1_TP1_16WK_KO4.fcs · SP1_TP1_16WK_KO5.fcs · SP1_TP1_16WK_KO6.fcs · SP2_TP1_16WK_CRE1.fcs · SP2_TP1_16WK_CRE2.fcs · SP2_TP1_16WK_CRE3.fcs · SP2_TP1_16WK_CRE4.fcs · SP2_TP1_16WK_CRE5.fcs · SP2_TP1_16WK_CRE6.fcs · SP2_TP1_16WK_KO1.fcs · SP2_TP1_16WK_KO2.fcs · SP2_TP1_16WK_KO3.fcs · SP2_TP1_16WK_KO4.fcs · SP2_TP1_16WK_KO5.fcs · SP2_TP1_16WK_KO6.fcs |
| · 2nd_Transplanted_Blood_Spleen_Bone marrow | BLD_TP2_12WK_CRE1.fcs · BLD_TP2_12WK_CRE2.fcs · BLD_TP2_12WK_CRE3.fcs · BLD_TP2_12WK_CRE4.fcs · BLD_TP2_12WK_CRE5.fcs · BLD_TP2_12WK_KO1.fcs · BLD_TP2_12WK_KO2.fcs · BLD_TP2_12WK_KO3.fcs · BLD_TP2_12WK_KO4.fcs · BLD_TP2_12WK_KO5.fcs · BLD_TP2_12WK_KO6.fcs · BLD_TP2_16WK_CRE1.fcs · BLD_TP2_16WK_CRE2.fcs · BLD_TP2_16WK_CRE3.fcs · BLD_TP2_16WK_CRE4.fcs · BLD_TP2_16WK_CRE5.fcs · BLD_TP2_16WK_KO1.fcs · BLD_TP2_16WK_KO2.fcs · BLD_TP2_16WK_KO3.fcs · BLD_TP2_16WK_KO4.fcs · BLD_TP2_16WK_KO5.fcs · BLD_TP2_16WK_KO6.fcs · BLD_TP2_4WK_CRE1.fcs · BLD_TP2_4WK_CRE2.fcs · BLD_TP2_4WK_CRE3.fcs · BLD_TP2_4WK_CRE4.fcs · BLD_TP2_4WK_CRE5.fcs · BLD_TP2_4WK_KO1.fcs · BLD_TP2_4WK_KO2.fcs · BLD_TP2_4WK_KO3.fcs · BLD_TP2_4WK_KO4.fcs · BLD_TP2_4WK_KO5.fcs · BLD_TP2_4WK_KO6.fcs · BLD_TP2_8WK_CRE1.fcs · BLD_TP2_8WK_CRE2.fcs · BLD_TP2_8WK_CRE3.fcs · BLD_TP2_8WK_CRE4.fcs · BLD_TP2_8WK_KO1.fcs · BLD_TP2_8WK_KO2.fcs · BLD_TP2_8WK_KO3.fcs · BLD_TP2_8WK_KO4.fcs · BLD_TP2_8WK_KO5.fcs · BLD_TP2_8WK_KO6.fcs · BM_TP2_16WK_CRE1.fcs · BM_TP2_16WK_CRE2.fcs · BM_TP2_16WK_CRE3.fcs · BM_TP2_16WK_CRE4.fcs · BM_TP2_16WK_CRE5.fcs · BM_TP2_16WK_KO1.fcs · BM_TP2_16WK_KO2.fcs · BM_TP2_16WK_KO3.fcs · BM_TP2_16WK_KO4.fcs · BM_TP2_16WK_KO5.fcs · BM_TP2_16WK_KO6.fcs · SP1_TP2_16WK_CRE1.fcs · SP1_TP2_16WK_CRE2.fcs · SP1_TP2_16WK_CRE3.fcs · SP1_TP2_16WK_CRE4.fcs · SP1_TP2_16WK_CRE5.fcs · SP1_TP2_16WK_KO1.fcs · SP1_TP2_16WK_KO2.fcs · SP1_TP2_16WK_KO3.fcs · SP1_TP2_16WK_KO4.fcs · SP1_TP2_16WK_KO5.fcs · SP1_TP2_16WK_KO6.fcs · SP2_TP2_16WK_CRE1.fcs · SP2_TP2_16WK_CRE2.fcs · SP2_TP2_16WK_CRE3.fcs · SP2_TP2_16WK_CRE4.fcs · SP2_TP2_16WK_CRE5.fcs · SP2_TP2_16WK_KO1.fcs · SP2_TP2_16WK_KO2.fcs · SP2_TP2_16WK_KO3.fcs · SP2_TP2_16WK_KO4.fcs · SP2_TP2_16WK_KO5.fcs · SP2_TP2_16WK_KO6.fcs |
| Timepoints | |
|---|---|
| · perturbed_d1 | 1S1_CRE1.fcs · 1S1_CRE2.fcs · 1S1_CRE3.fcs · 1S1_CRE4.fcs · 1S1_CRE5.fcs · 2S1_CRE6.fcs · 2S1_CRE7.fcs · 2S1_CRE8.fcs · 3S1_CRE10.fcs · 3S1_CRE11.fcs · 3S1_CRE12.fcs · 3S1_CRE13.fcs · 3S1_CRE9.fcs · 1S1_KO1.fcs · 1S1_KO2.fcs · 1S1_KO3.fcs · 1S1_KO4.fcs · 1S1_KO5.fcs |
| · perturbed_d3 | 1S3_CRE1.fcs · 1S3_CRE2.fcs · 1S3_CRE3.fcs · 1S3_CRE4.fcs · 1S3_CRE5.fcs |
| · perturbed_d7 | 1S7_CRE1.fcs · 1S7_CRE2.fcs · 1S7_CRE3.fcs · 1S7_CRE4.fcs · 1S7_CRE5.fcs |
| · perturbed_d14 | 1S14_CRE1.fcs · 1S14_CRE2.fcs · 1S14_CRE3.fcs · 1S14_CRE4.fcs · 1S14_CRE5.fcs |
| · TP1_wk4 | BLD_TP1_4WK_CRE1.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE10.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE11.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE2.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE3.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE4.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE5.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE6.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE7.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE8.fcs · BLD_TP1_4WK_CRE9.fcs · BLD_TP1_4WK_KO1.fcs · BLD_TP1_4WK_KO10.fcs · BLD_TP1_4WK_KO11.fcs · BLD_TP1_4WK_KO12.fcs · BLD_TP1_4WK_KO2.fcs · BLD_TP1_4WK_KO3.fcs · BLD_TP1_4WK_KO4.fcs · BLD_TP1_4WK_KO5.fcs · BLD_TP1_4WK_KO6.fcs · BLD_TP1_4WK_KO7.fcs · BLD_TP1_4WK_KO8.fcs · BLD_TP1_4WK_KO9.fcs |
| · TP1_wk8 | BLD_TP1_8WK_CRE1.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE10.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE11.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE2.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE3.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE4.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE5.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE6.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE7.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE8.fcs · BLD_TP1_8WK_CRE9.fcs · BLD_TP1_8WK_KO1.fcs · BLD_TP1_8WK_KO10.fcs · BLD_TP1_8WK_KO11.fcs · BLD_TP1_8WK_KO12.fcs · BLD_TP1_8WK_KO2.fcs · BLD_TP1_8WK_KO3.fcs · BLD_TP1_8WK_KO4.fcs · BLD_TP1_8WK_KO5.fcs · BLD_TP1_8WK_KO6.fcs · BLD_TP1_8WK_KO7.fcs · BLD_TP1_8WK_KO8.fcs · BLD_TP1_8WK_KO9.fcs |
| · TP1_wk12 | BLD_TP1_12WK_CRE1.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE10.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE11.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE2.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE3.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE4.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE5.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE6.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE7.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE8.fcs · BLD_TP1_12WK_CRE9.fcs · BLD_TP1_12WK_KO1.fcs · BLD_TP1_12WK_KO10.fcs · BLD_TP1_12WK_KO11.fcs · BLD_TP1_12WK_KO12.fcs · BLD_TP1_12WK_KO2.fcs · BLD_TP1_12WK_KO3.fcs · BLD_TP1_12WK_KO4.fcs · BLD_TP1_12WK_KO5.fcs · BLD_TP1_12WK_KO6.fcs · BLD_TP1_12WK_KO7.fcs · BLD_TP1_12WK_KO8.fcs · BLD_TP1_12WK_KO9.fcs |
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| · TP2_wk4 | BLD_TP2_4WK_CRE1.fcs · BLD_TP2_4WK_CRE2.fcs · BLD_TP2_4WK_CRE3.fcs · BLD_TP2_4WK_CRE4.fcs · BLD_TP2_4WK_CRE5.fcs · BLD_TP2_4WK_KO1.fcs · BLD_TP2_4WK_KO2.fcs · BLD_TP2_4WK_KO3.fcs · BLD_TP2_4WK_KO4.fcs · BLD_TP2_4WK_KO5.fcs · BLD_TP2_4WK_KO6.fcs |
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