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Experiment Overview

Repository ID: FR-FCM-ZZTW Experiment name: Functional profiling of whole blood responses to allergen in healthy controls and peanut-allergic patients MIFlowCyt score: 33.75%
Primary researcher: Adeeb Rahman PI/manager: Adeeb Rahman Uploaded by: Adeeb Rahman
Experiment dates: 2015-03-02 - 2016-04-21 Dataset uploaded: Aug 2016 Last updated: Aug 2016
Keywords: [signaling] [basophils] [allergy] [whole blood] [whole blood intracellular staining] [pediatric population] [mass cytometry] [CyTOF] [CD63] [platelet-basophil aggregates] Manuscripts: [27531074]
Organizations: Icahn School of Medicine at Mt. Sinai, New York, NY (10029)
Purpose: We used mass cytometry (CyTOF) to profile phenotypic changes and signaling response of all major hematopoietic subsets in blood to peanut extract in peanut allergic donors and age-matched healthy controls.
Conclusion: We observed basophil-platelet interactions and activation of basophils and other myeloid cells in response to peanut in allergic individuals but not healthy controls.
Comments: None
Funding: NIAID U24AI118644
Quality control: All samples included a negative (media) control and a positive (anti-IgE) control in addition the experimental treatment (peanut extract). Sample were barcoded and pooled prior to staining to minimize experimental and instrument batch variability between samples.


Experiment variables

Sample Type
· Healthy control C1 15min PN.fcs · C1 15min antiIgE.fcs · C1 15min media.fcs · C1 30min PN.fcs · C1 30min antiIgE.fcs · C1 30min media.fcs · C2 15min PN.fcs · C2 15min media.fcs · C2 30 min media.fcs · C2 30min PN.fcs · C2 30min antiIgE.fcs · C2 antiIgE 15min.fcs · C3 15min PN.fcs · C3 15min antiIgE.fcs · C3 15min media.fcs · C3 30min PN.fcs · C3 30min antiIgE.fcs · C3 30min media.fcs
· Peanut allergic P1 15min PN.fcs · P1 15min antiIgE.fcs · P1 15min media.fcs · P1 30min PN.fcs · P1 30min antiIgE.fcs · P1 30min media.fcs · P2 15min PN.fcs · P2 15min antiIgE.fcs · P2 15min media.fcs · P2 30min PN.fcs · P2 30min antiIgE.fcs · P2 30min media.fcs · P3 15min PN.fcs · P3 15min antiIgE.fcs · P3 15min media.fcs · P3 30min PN.fcs · P3 30min antiIgE.fcs · P3 30min media.fcs · P4 15min PN.fcs · P4 15min antiIgE.fcs · P4 15min media.fcs · P4 30min PN.fcs · P4 30min antiIgE.fcs · P4 30min media.fcs · P5 15min PN.fcs · P5 15min antiIgE.fcs · P5 15min media.fcs · P5 30min PN.fcs · P5 30min antiIgE.fcs · P5 30min media.fcs · P6 15min PN.fcs · P6 15min antiIgE.fcs · P6 15min media.fcs · P6 30min PN.fcs · P6 30min antiIgE.fcs · P6 30min media.fcs
· Tolerant T1 15min PN.fcs · T1 15min antiIgE.fcs · T1 15min media.fcs · T1 30min PN.fcs · T1 30min antiIgE.fcs · T1 30min media.fcs

Conditions
· Media C1 15min media.fcs · C1 30min media.fcs · C2 15min media.fcs · C2 30 min media.fcs · C3 15min media.fcs · C3 30min media.fcs · P1 15min media.fcs · P1 30min media.fcs · P2 15min media.fcs · P2 30min media.fcs · P3 15min media.fcs · P3 30min media.fcs · P4 15min media.fcs · P4 30min media.fcs · P5 15min media.fcs · P5 30min media.fcs · P6 15min media.fcs · P6 30min media.fcs · T1 15min media.fcs · T1 30min media.fcs
· Peanut extract C1 15min PN.fcs · C1 30min PN.fcs · C2 15min PN.fcs · C2 30min PN.fcs · C3 15min PN.fcs · C3 30min PN.fcs · P1 15min PN.fcs · P1 30min PN.fcs · P2 15min PN.fcs · P2 30min PN.fcs · P3 15min PN.fcs · P3 30min PN.fcs · P4 15min PN.fcs · P4 30min PN.fcs · P5 15min PN.fcs · P5 30min PN.fcs · P6 15min PN.fcs · P6 30min PN.fcs · T1 15min PN.fcs · T1 30min PN.fcs
· antiIgE C1 15min antiIgE.fcs · C1 30min antiIgE.fcs · C2 30min antiIgE.fcs · C2 antiIgE 15min.fcs · C3 15min antiIgE.fcs · C3 30min antiIgE.fcs · P1 15min antiIgE.fcs · P1 30min antiIgE.fcs · P2 15min antiIgE.fcs · P2 30min antiIgE.fcs · P3 15min antiIgE.fcs · P3 30min antiIgE.fcs · P4 15min antiIgE.fcs · P4 30min antiIgE.fcs · P5 15min antiIgE.fcs · P5 30min antiIgE.fcs · P6 15min antiIgE.fcs · P6 30min antiIgE.fcs · T1 15min antiIgE.fcs · T1 30min antiIgE.fcs

Timepoints
· 15min C1 15min PN.fcs · C1 15min antiIgE.fcs · C1 15min media.fcs · C2 15min PN.fcs · C2 15min media.fcs · C2 antiIgE 15min.fcs · C3 15min PN.fcs · C3 15min antiIgE.fcs · C3 15min media.fcs · P1 15min PN.fcs · P1 15min antiIgE.fcs · P1 15min media.fcs · P2 15min PN.fcs · P2 15min antiIgE.fcs · P2 15min media.fcs · P3 15min PN.fcs · P3 15min antiIgE.fcs · P3 15min media.fcs · P4 15min PN.fcs · P4 15min antiIgE.fcs · P4 15min media.fcs · P5 15min PN.fcs · P5 15min antiIgE.fcs · P5 15min media.fcs · P6 15min PN.fcs · P6 15min antiIgE.fcs · P6 15min media.fcs · T1 15min PN.fcs · T1 15min antiIgE.fcs · T1 15min media.fcs
· 30min C1 30min PN.fcs · C1 30min antiIgE.fcs · C1 30min media.fcs · C2 30 min media.fcs · C2 30min PN.fcs · C2 30min antiIgE.fcs · C3 30min PN.fcs · C3 30min antiIgE.fcs · C3 30min media.fcs · P1 30min PN.fcs · P1 30min antiIgE.fcs · P1 30min media.fcs · P2 30min PN.fcs · P2 30min antiIgE.fcs · P2 30min media.fcs · P3 30min PN.fcs · P3 30min antiIgE.fcs · P3 30min media.fcs · P4 30min PN.fcs · P4 30min antiIgE.fcs · P4 30min media.fcs · P5 30min PN.fcs · P5 30min antiIgE.fcs · P5 30min media.fcs · P6 30min PN.fcs · P6 30min antiIgE.fcs · P6 30min media.fcs · T1 30min PN.fcs · T1 30min antiIgE.fcs · T1 30min media.fcs

Individuals
· C1 C1 15min PN.fcs · C1 15min antiIgE.fcs · C1 15min media.fcs · C1 30min PN.fcs · C1 30min antiIgE.fcs · C1 30min media.fcs
· C2 C2 15min PN.fcs · C2 15min media.fcs · C2 30 min media.fcs · C2 30min PN.fcs · C2 30min antiIgE.fcs · C2 antiIgE 15min.fcs
· C3 C3 15min PN.fcs · C3 15min antiIgE.fcs · C3 15min media.fcs · C3 30min PN.fcs · C3 30min antiIgE.fcs · C3 30min media.fcs
· P1 P1 15min PN.fcs · P1 15min antiIgE.fcs · P1 15min media.fcs · P1 30min PN.fcs · P1 30min antiIgE.fcs · P1 30min media.fcs
· P2 P2 15min PN.fcs · P2 15min antiIgE.fcs · P2 15min media.fcs · P2 30min PN.fcs · P2 30min antiIgE.fcs · P2 30min media.fcs
· P3 P3 15min PN.fcs · P3 15min antiIgE.fcs · P3 15min media.fcs · P3 30min PN.fcs · P3 30min antiIgE.fcs · P3 30min media.fcs
· P4 P4 15min PN.fcs · P4 15min antiIgE.fcs · P4 15min media.fcs · P4 30min PN.fcs · P4 30min antiIgE.fcs · P4 30min media.fcs
· P5 P5 15min PN.fcs · P5 15min antiIgE.fcs · P5 15min media.fcs · P5 30min PN.fcs · P5 30min antiIgE.fcs · P5 30min media.fcs
· P6 P6 15min PN.fcs · P6 15min antiIgE.fcs · P6 15min media.fcs · P6 30min PN.fcs · P6 30min antiIgE.fcs · P6 30min media.fcs
· T1 T1 15min PN.fcs · T1 15min antiIgE.fcs · T1 15min media.fcs · T1 30min PN.fcs · T1 30min antiIgE.fcs · T1 30min media.fcs

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