Experiment Overview
| Repository ID: | FR-FCM-Z5P7 | Experiment name: | Enhanced gene expression in the yeast S. cerevisiae via a thoroughly engineered ? -estradiol biosensing circuit | MIFlowCyt score: | 46.25% |
| Primary researcher: | Zhou Tian | PI/manager: | Mario Andrea Marchisio | Uploaded by: | Zhou Tian |
| Experiment dates: | 2021-08-15 - 2022-09-03 | Dataset uploaded: | Sep 2022 | Last updated: | Sep 2022 |
| Keywords: | [biosensor] [optimization] [Synthetic Biology] [β-estradiol] [Operators] | Manuscripts: | |||
| Organizations: | None | ||||
| Purpose: | We found a configuration that works as both a highly sensitive biosensor or a sharp switch depending on the concentration of the chimeric activator and the strength of its activation domain. | ||||
| Conclusion: | In our analysis, the best promoter, in the reporter, was made by the core CYC1 sequence (which keeps the three TATA boxes and the full 5’UTR) preceded by three lexOp2 operators. Adjacent lex2Ops shall be separated by 2 up to 21 nt and the 3xlex2Op cassette is placed 60 nt upstream of TATA-52. On the receptor side, we found two useful configurations. The best biosensor configuration demands to fuse LexA-HBD(hER) to the strong VP64 AD and express it under the synthetic constitutive DEG1t_pCYC1noTATA promoter. | ||||
| Comments: | It's interesting to optimize beta-estradiol. | ||||
| Funding: | spst | ||||
| Quality control: | None | ||||
Experiment variables
| Individuals | |
|---|---|
| · Figure 1 | byMM109_1.fcs · byMM109_10.fcs · byMM109_10_001.fcs · byMM109_10_002.fcs · byMM109_11.fcs · byMM109_11_001.fcs · byMM109_11_002.fcs · byMM109_12.fcs · byMM109_12_001.fcs · byMM109_12_002.fcs · byMM109_13.fcs · byMM109_13_001.fcs · byMM109_13_002.fcs · byMM109_1_001.fcs · byMM109_1_002.fcs · byMM109_2.fcs · byMM109_2_001.fcs · byMM109_2_002.fcs · byMM109_3.fcs · byMM109_3_001.fcs · byMM109_3_002.fcs · byMM109_4.fcs · byMM109_4_001.fcs · byMM109_4_002.fcs · byMM109_5.fcs · byMM109_5_001.fcs · byMM109_5_002.fcs · byMM109_6.fcs · byMM109_6_001.fcs · byMM109_6_002.fcs · byMM109_7.fcs · byMM109_7_001.fcs · byMM109_7_002.fcs · byMM109_8.fcs · byMM109_8_001.fcs · byMM109_8_002.fcs · byMM109_9.fcs · byMM109_9_001.fcs · byMM109_9_002.fcs · 125-1-00.fcs · 125-1-01.fcs · 125-1.fcs · 125-10-00.fcs · 125-10-01.fcs · 125-10.fcs · 125-11-00.fcs · 125-11-01.fcs · 125-11.fcs · 125-12-00.fcs · 125-12-01.fcs · 125-12.fcs · 125-13-00.fcs · 125-13-01.fcs · 125-13.fcs · 125-2-00.fcs · 125-2-01.fcs · 125-2.fcs · 125-3-00.fcs · 125-3-01.fcs · 125-3.fcs · 125-4-00.fcs · 125-4-01.fcs · 125-4.fcs · 125-5-00.fcs · 125-5-01.fcs · 125-5.fcs · 125-6-00.fcs · 125-6-01.fcs · 125-6.fcs · 125-7-00.fcs · 125-7-01.fcs · 125-7.fcs · 125-8-00.fcs · 125-8-01.fcs · 125-8.fcs · 125-9-00.fcs · 125-9-01.fcs · 125-9.fcs · 187-1-01.fcs · 187-1-02.fcs · 187-1.fcs · 187-10-01.fcs · 187-10-02.fcs · 187-10.fcs · 187-11-01.fcs · 187-11-02.fcs · 187-11.fcs · 187-12-01.fcs · 187-12-02.fcs · 187-12.fcs · 187-13-01.fcs · 187-13-02.fcs · 187-13.fcs · 187-2-01.fcs · 187-2-02.fcs · 187-2.fcs · 187-3-01.fcs · 187-3-02.fcs · 187-3.fcs · 187-4-01.fcs · 187-4-02.fcs · 187-4.fcs · 187-5-01.fcs · 187-5-02.fcs · 187-5.fcs · 187-6-01.fcs · 187-6-02.fcs · 187-6.fcs · 187-7-01.fcs · 187-7-02.fcs · 187-7.fcs · 187-8-01.fcs · 187-8-02.fcs · 187-8.fcs · 187-9-01.fcs · 187-9-02.fcs · 187-9.fcs · 198-1-00.fcs · 198-1-01.fcs · 198-1.fcs · 198-10-00.fcs · 198-10-01.fcs · 198-10.fcs · 198-11-00.fcs · 198-11-01.fcs · 198-11.fcs · 198-12-00.fcs · 198-12-01.fcs · 198-12.fcs · 198-13-00.fcs · 198-13-01.fcs · 198-13.fcs · 198-2-00.fcs · 198-2-01.fcs · 198-2.fcs · 198-3-00.fcs · 198-3-01.fcs · 198-3.fcs · 198-4-00.fcs · 198-4-01.fcs · 198-4.fcs · 198-5-00.fcs · 198-5-01.fcs · 198-5.fcs · 198-6-00.fcs · 198-6-01.fcs · 198-6.fcs · 198-7-00.fcs · 198-7-01.fcs · 198-7.fcs · 198-8-00.fcs · 198-8-01.fcs · 198-8.fcs · 198-9-00.fcs · 198-9-01.fcs · 198-9.fcs · 335-1-00.fcs · 335-1-01.fcs · 335-1.fcs · 335-10-00.fcs · 335-10-01.fcs · 335-10.fcs · 335-11-00.fcs · 335-11-01.fcs · 335-11.fcs · 335-12-00.fcs · 335-12-01.fcs · 335-12.fcs · 335-13-00.fcs · 335-13-01.fcs · 335-13.fcs · 335-2-00.fcs · 335-2-01.fcs · 335-2.fcs · 335-3-00.fcs · 335-3-01.fcs · 335-3.fcs · 335-4-00.fcs · 335-4-01.fcs · 335-4.fcs · 335-5-00.fcs · 335-5-01.fcs · 335-5.fcs · 335-6-00.fcs · 335-6-01.fcs · 335-6.fcs · 335-7-00.fcs · 335-7-01.fcs · 335-7.fcs · 335-8-00.fcs · 335-8-01.fcs · 335-8.fcs · 335-9-00.fcs · 335-9-01.fcs · 335-9.fcs · 372-1-00.fcs · 372-1-01.fcs · 372-1.fcs · 372-10-00.fcs · 372-10-01.fcs · 372-10.fcs · 372-11-00.fcs · 372-11-01.fcs · 372-11.fcs · 372-12-00.fcs · 372-12-01.fcs · 372-12.fcs · 372-13-00.fcs · 372-13-01.fcs · 372-13.fcs · 372-2-00.fcs · 372-2-01.fcs · 372-2.fcs · 372-3-00.fcs · 372-3-01.fcs · 372-3.fcs · 372-4-00.fcs · 372-4-01.fcs · 372-4.fcs · 372-5-00.fcs · 372-5-01.fcs · 372-5.fcs · 372-6-00.fcs · 372-6-01.fcs · 372-6.fcs · 372-7-00.fcs · 372-7-01.fcs · 372-7.fcs · 372-8-00.fcs · 372-8-01.fcs · 372-8.fcs · 372-9-00.fcs · 372-9-01.fcs · 372-9.fcs |
| · Figure 2 | 367-1-00.fcs · 367-1-01.fcs · 367-1.fcs · 367-10-00.fcs · 367-10-01.fcs · 367-10.fcs · 367-11-00.fcs · 367-11-01.fcs · 367-11.fcs · 367-12-00.fcs · 367-12-01.fcs · 367-12.fcs · 367-13-00.fcs · 367-13-01.fcs · 367-13.fcs · 367-2-00.fcs · 367-2-01.fcs · 367-2.fcs · 367-3-00.fcs · 367-3-01.fcs · 367-3.fcs · 367-4-00.fcs · 367-4-01.fcs · 367-4.fcs · 367-5-00.fcs · 367-5-01.fcs · 367-5.fcs · 367-6-00.fcs · 367-6-01.fcs · 367-6.fcs · 367-7-00.fcs · 367-7-01.fcs · 367-7.fcs · 367-8-00.fcs · 367-8-01.fcs · 367-8.fcs · 367-9-00.fcs · 367-9-01.fcs · 367-9.fcs · 368-1-00.fcs · 368-1-01.fcs · 368-1.fcs · 368-10-00.fcs · 368-10-01.fcs · 368-10.fcs · 368-11-00.fcs · 368-11-01.fcs · 368-11.fcs · 368-12-00.fcs · 368-12-01.fcs · 368-12.fcs · 368-13-00.fcs · 368-13-01.fcs · 368-13.fcs · 368-2-00.fcs · 368-2-01.fcs · 368-2.fcs · 368-3-00.fcs · 368-3-01.fcs · 368-3.fcs · 368-4-00.fcs · 368-4-01.fcs · 368-4.fcs · 368-5-00.fcs · 368-5-01.fcs · 368-5.fcs · 368-6-00.fcs · 368-6-01.fcs · 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| · Figure 3 | 487-1-00.fcs · 487-1-01.fcs · 487-1.fcs · 487-10-00.fcs · 487-10-01.fcs · 487-10.fcs · 487-11-00.fcs · 487-11-01.fcs · 487-11.fcs · 487-12-00.fcs · 487-12-01.fcs · 487-12.fcs · 487-13-00.fcs · 487-13-01.fcs · 487-13.fcs · 487-2-00.fcs · 487-2-01.fcs · 487-2.fcs · 487-3-00.fcs · 487-3-01.fcs · 487-3.fcs · 487-4-01.fcs · 487-4.fcs · 487-5-00.fcs · 487-5-01.fcs · 487-5.fcs · 487-6-00.fcs · 487-6-01.fcs · 487-6.fcs · 487-7-00.fcs · 487-7-01.fcs · 487-7.fcs · 487-8-00.fcs · 487-8-01.fcs · 487-8.fcs · 487-9-00.fcs · 487-9-01.fcs · 487-9.fcs · 496-1-00.fcs · 496-1-01.fcs · 496-1.fcs · 496-10-00.fcs · 496-10-01.fcs · 496-10.fcs · 496-11-00.fcs · 496-11-01.fcs · 496-11.fcs · 496-12-00.fcs · 496-12-01.fcs · 496-12.fcs · 496-13-00.fcs · 496-13-01.fcs · 496-13.fcs · 496-2-00.fcs · 496-2-01.fcs · 496-2.fcs · 496-3-00.fcs · 496-3-01.fcs · 496-3.fcs · 496-4-00.fcs · 496-4-01.fcs · 496-4.fcs · 496-5-00.fcs · 496-5-01.fcs · 496-5.fcs · 496-6-00.fcs · 496-6-01.fcs · 496-6.fcs · 496-7-00.fcs · 496-7-01.fcs · 496-7.fcs · 496-8-00.fcs · 496-8-01.fcs · 496-8.fcs · 496-9-00.fcs · 496-9-01.fcs · 496-9.fcs · 498-1-00.fcs · 498-1-01.fcs · 498-1.fcs · 498-10-00.fcs · 498-10-01.fcs · 498-10.fcs · 498-11-00.fcs · 498-11-01.fcs · 498-11.fcs · 498-12-00.fcs · 498-12-01.fcs · 498-12.fcs · 498-13-00.fcs · 498-13-01.fcs · 498-13.fcs · 498-2-00.fcs · 498-2-01.fcs · 498-2.fcs · 498-3-00.fcs · 498-3-01.fcs · 498-3.fcs · 498-4-00.fcs · 498-4-01.fcs · 498-4.fcs · 498-5-00.fcs · 498-5-01.fcs · 498-5.fcs · 498-6-00.fcs · 498-6-01.fcs · 498-6.fcs · 498-7-00.fcs · 498-7-01.fcs · 498-7.fcs · 498-8-00.fcs · 498-8-01.fcs · 498-8.fcs · 498-9-00.fcs · 498-9-01.fcs · 498-9.fcs · 539-1-00.fcs · 539-1-01.fcs · 539-1.fcs · 539-10-00.fcs · 539-10-01.fcs · 539-10.fcs · 539-11-00.fcs · 539-11-01.fcs · 539-11.fcs · 539-12-00.fcs · 539-12-01.fcs · 539-12.fcs · 539-13-00.fcs · 539-13-01.fcs · 539-13.fcs · 539-2-00.fcs · 539-2-01.fcs · 539-2.fcs · 539-3-00.fcs · 539-3-01.fcs · 539-3.fcs · 539-4-00.fcs · 539-4-01.fcs · 539-4.fcs · 539-5-00.fcs · 539-5-01.fcs · 539-5.fcs · 539-6-00.fcs · 539-6-01.fcs · 539-6.fcs · 539-7-00.fcs · 539-7-01.fcs · 539-7.fcs · 539-8-00.fcs · 539-8-01.fcs · 539-8.fcs · 539-9-00.fcs · 539-9-01.fcs · 539-9.fcs · 547-1-00.fcs · 547-1-01.fcs · 547-1.fcs · 547-10-00.fcs · 547-10-01.fcs · 547-10.fcs · 547-11-00.fcs · 547-11-01.fcs · 547-11.fcs · 547-12-00.fcs · 547-12-01.fcs · 547-12.fcs · 547-13-00.fcs · 547-13-01.fcs · 547-13.fcs · 547-2-00.fcs · 547-2-01.fcs · 547-2.fcs · 547-3-00.fcs · 547-3-01.fcs · 547-3.fcs · 547-4-00.fcs · 547-4-01.fcs · 547-4.fcs · 547-5-00.fcs · 547-5-01.fcs · 547-5.fcs · 547-6-00.fcs · 547-6-01.fcs · 547-6.fcs · 547-7-00.fcs · 547-7-01.fcs · 547-7.fcs · 547-8-00.fcs · 547-8-01.fcs · 547-8.fcs · 547-9-00.fcs · 547-9-01.fcs · 547-9.fcs · 1377-5-01.fcs · 1378-11.fcs · 1396-1-00.fcs · 1396-1-01.fcs · 1396-1.fcs · 1396-10-00.fcs · 1396-10-01.fcs · 1396-10.fcs · 1396-11-00.fcs · 1396-11-01.fcs · 1396-11.fcs · 1396-12-00.fcs · 1396-12-01.fcs · 1396-12.fcs · 1396-13-00.fcs · 1396-13-01.fcs · 1396-13.fcs · 1396-2-00.fcs · 1396-2-01.fcs · 1396-2.fcs · 1396-3-00.fcs · 1396-3-01.fcs · 1396-3.fcs · 1396-4-00.fcs · 1396-4-01.fcs · 1396-4.fcs · 1396-5-00.fcs · 1396-5-01.fcs · 1396-5.fcs · 1396-6-00.fcs · 1396-6-01.fcs · 1396-6.fcs · 1396-7-00.fcs · 1396-7-01.fcs · 1396-7.fcs · 1396-8-00.fcs · 1396-8-01.fcs · 1396-8.fcs · 1396-9-00.fcs · 1396-9-01.fcs · 1396-9.fcs · 1397-1-00.fcs · 1397-1-01.fcs · 1397-1.fcs · 1397-10-00.fcs · 1397-10-01.fcs · 1397-10.fcs · 1397-11-00.fcs · 1397-11-01.fcs · 1397-11.fcs · 1397-12-00.fcs · 1397-12-01.fcs · 1397-13-00.fcs · 1397-13-01.fcs · 1397-13.fcs · 1397-2-00.fcs · 1397-2-01.fcs · 1397-2.fcs · 1397-3-00.fcs · 1397-3-01.fcs · 1397-3.fcs · 1397-4-00.fcs · 1397-4-01.fcs · 1397-4.fcs · 1397-5-00.fcs · 1397-5-01.fcs · 1397-5.fcs · 1397-6-00.fcs · 1397-6-01.fcs · 1397-6.fcs · 1397-7-00.fcs · 1397-7-01.fcs · 1397-7.fcs · 1397-8-00.fcs · 1397-8-01.fcs · 1397-8.fcs · 1397-9-00.fcs · 1397-9-01.fcs · 1397-9.fcs |
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