Experiment Overview
| Repository ID: | FR-FCM-Z6KX | Experiment name: | Hybrid Boolean gates show that Cas12c controls transcription activation effectively in the yeast S. cerevisiae | MIFlowCyt score: | 51.50% |
| Primary researcher: | Yifan Liu | PI/manager: | Yifan Liu | Uploaded by: | Yifan Liu |
| Experiment dates: | 2022-03-30 - 2023-07-13 | Dataset uploaded: | Jul 2023 | Last updated: | Jul 2023 |
| Keywords: | [Cas12c] [sythetic biology] [hybrid gate] | Manuscripts: | |||
| Organizations: |
Tian Jin University, Tian jin, (China)
|
||||
| Purpose: | To explore the synthetic biology function of cas12c in Saccharomyces cerevisiae. | ||||
| Conclusion: | We found that Cas12c fused to the strong VPR activation domain increased transcription considerably, no matter the DNA strand targeted by its crRNA. The bare Cas12c failed to inhibit yEGFP production. However, when fused to the Mxi1 repression domain, Cas12c-Mxi1 could moderately repress transcription by targeting the sense strand of the promoter (pTEF2) upstream of the yEGFP gene. | ||||
| Comments: | our study contributes to the growing body of knowledge on the use of CRISPR-Cas systems and hybrid logic gates in biotechnology, and paves the way for further advancements in this field. | ||||
| Funding: | no | ||||
| Quality control: | FCS collection for software testing | Three separate experiments were conducted on different days | |||
Experiment variables
| Individuals | |
|---|---|
| · control 584 | 584 SDC-Cu-3.fcs · 584-(SDC-ME)-24h-1.fcs · 584-(SDC-ME)-24h-2.fcs · 584-(SDC-ME)-24h-3.fcs · 584-SDC-16h-1.fcs · 584-SDC-16h-2.fcs · 584-SDC-16h-3.fcs · 584-SDC-16h-4.fcs · 584-SDC-24h (1).fcs · 584-SDC-24h (2).fcs · 584-SDC-24h (3).fcs · 584-SDC-24h (4).fcs · 584-galactose-1.fcs · 584-galactose-2.fcs · 584-galactose-3.fcs · 584 SDC-Cu-1.fcs · 584 SDC-Cu-2.fcs |
| · Figure2+S1 | byMM1202-SDC-1.fcs · byMM1202-SDC-2.fcs · byMM1202-SDC-3.fcs · byMM1202-SDC-4.fcs · byMM1202-SDC-5.fcs · byMM1202-SDC-6.fcs · byMM1708-SDC-1.fcs · byMM1708-SDC-2.fcs · byMM1708-SDC-3.fcs · byMM1708-SDC-4.fcs · byMM1708-SDC-5.fcs · byMM1708-SDC-6.fcs · byMM1708-SDC-7.fcs · byMM1714-SDC-1.fcs · byMM1714-SDC-2.fcs · byMM1714-SDC-3.fcs · byMM1717-SDC-1.fcs · byMM1717-SDC-2.fcs · byMM1717-SDC-3.fcs · byMM1842-SDC-1.fcs · byMM1842-SDC-2.fcs · byMM1842-SDC-3.fcs · byMM1845-SDC-1.fcs · byMM1845-SDC-2.fcs · byMM1845-SDC-3.fcs · byMM1860-SDC-1.fcs · byMM1860-SDC-2.fcs · byMM1860-SDC-3.fcs · byMM1867-SDC-1.fcs · byMM1867-SDC-2.fcs · byMM1867-SDC-3.fcs · byMM1880-SDC-1.fcs · byMM1880-SDC-2.fcs · byMM1880-SDC-3.fcs · byMM1882-SDC-1.fcs · byMM1882-SDC-2.fcs · byMM1882-SDC-3.fcs · byMM1885-SDC-1.fcs · byMM1885-SDC-2.fcs · byMM1885-SDC-3.fcs · byMM1886-SDC-1.fcs · byMM1886-SDC-2.fcs · byMM1886-SDC-3.fcs · byMM1887-SDC-1.fcs · byMM1887-SDC-2.fcs · byMM1887-SDC-3.fcs · byMM1887-SDC-4.fcs · byMM1896-SDC-1.fcs · byMM1896-SDC-2.fcs · byMM1896-SDC-3.fcs · byMM1896-SDC-4.fcs · byMM1903-SDC-1.fcs · byMM1903-SDC-2.fcs · byMM1903-SDC-3.fcs · byMM1907-SDC-1.fcs · byMM1907-SDC-2.fcs · byMM1907-SDC-3.fcs · byMM556-SDC-1.fcs · byMM556-SDC-2.fcs · byMM556-SDC-3.fcs |
| · Figure3+S2 | byMM1472-SDC-1.fcs · byMM1472-SDC-2.fcs · byMM1472-SDC-3.fcs · byMM1472-gala+tc-1.fcs · byMM1472-gala+tc-2.fcs · byMM1472-galactose+tc-3.fcs · byMM1472-galactose-1.fcs · byMM1472-galactose-3.fcs · byMM1472-galactose.fcs · byMM1472-tc-1.fcs · byMM1472-tc-2.fcs · byMM1472-tc-3.fcs · byMM1489-CuSO4+tc-1.fcs · byMM1489-CuSO4+tc-2.fcs · byMM1489-CuSO4+tc-3.fcs · byMM1489-CuSO4+tc-4.fcs · byMM1489-CuSO4-1.fcs · byMM1489-CuSO4-2.fcs · byMM1489-CuSO4-3.fcs · byMM1489-CuSO4-4.fcs · byMM1489-SDC-1.fcs · byMM1489-SDC-2.fcs · byMM1489-SDC-3.fcs · byMM1489-tc-1.fcs · byMM1489-tc-2.fcs · byMM1489-tc-3.fcs · byMM1490-CuSO4+tc-1.fcs · byMM1490-CuSO4+tc-2.fcs · byMM1490-CuSO4+tc-3.fcs · byMM1490-CuSO4-1.fcs · byMM1490-CuSO4-2.fcs · byMM1490-CuSO4-3.fcs · byMM1490-CuSO4-4.fcs · byMM1490-SDC-1.fcs · byMM1490-SDC-2.fcs · byMM1490-SDC-3.fcs · byMM1490-tc-1.fcs · byMM1490-tc-2.fcs · byMM1490-tc-3.fcs · byMM1967-SDC+me+tc-1.fcs · byMM1967-SDC+me+tc-2.fcs · byMM1967-SDC+me+tc-3.fcs · byMM1967-SDC+me-1.fcs · byMM1967-SDC+me-2.fcs · byMM1967-SDC+me-3.fcs · byMM1967-SDC-me+tc-1.fcs · byMM1967-SDC-me+tc-2.fcs · byMM1967-SDC-me+tc-3.fcs · byMM1967-SDC-me-1.fcs · byMM1967-SDC-me-2.fcs · byMM1967-SDC-me-3.fcs · byMM1968-SDC+me+tc-1.fcs · byMM1968-SDC+me+tc-2.fcs · byMM1968-SDC+me+tc-3.fcs · byMM1968-SDC+me-1.fcs · byMM1968-SDC+me-2.fcs · byMM1968-SDC+me-3.fcs · byMM1968-SDC+me-4.fcs · byMM1968-SDC-me+tc-1.fcs · byMM1968-SDC-me+tc-2.fcs · byMM1968-SDC-me+tc-3.fcs · byMM1968-SDC-me-1.fcs · byMM1968-SDC-me-2.fcs · byMM1968-SDC-me-3.fcs · byMM392-SDC-1.fcs · byMM392-SDC-2.fcs · byMM392-SDC-3.fcs · byMM392-gala+tc-1.fcs · byMM392-gala+tc-2.fcs · byMM392-gala+tc-3.fcs · byMM392-galactose-1.fcs · byMM392-galactose-2.fcs · byMM392-galactose-3.fcs · byMM392-tc-1.fcs · byMM392-tc-2.fcs · byMM392-tc-3.fcs |
| · Figure4+S3 | byMM1479-SDC-1.fcs · byMM1479-SDC-2.fcs · byMM1479-SDC-3.fcs · byMM1479-SDC-4.fcs · byMM1479-es-1.fcs · byMM1479-es-2.fcs · byMM1479-es-3.fcs · byMM1479-es-4.fcs · byMM1479-tc+es-1.fcs · byMM1479-tc+es-2.fcs · byMM1479-tc+es-3.fcs · byMM1479-tc+es-4.fcs · byMM1479-tc-1.fcs · byMM1479-tc-2.fcs · byMM1479-tc-3.fcs · byMM1479-tc-4.fcs · byMM491-SDC-1.fcs · byMM491-SDC-2.fcs · byMM491-SDC-3.fcs · byMM491-es-1.fcs · byMM491-es-2.fcs · byMM491-es-3.fcs · byMM491-es-4.fcs · byMM491-tc+es-1.fcs · byMM491-tc+es-2.fcs · byMM491-tc+es-3.fcs · byMM491-tc-1.fcs · byMM491-tc-2.fcs · byMM491-tc-3.fcs · byMM491-tc-4.fcs · byMM492-SDC-1.fcs · byMM492-SDC-2.fcs · byMM492-SDC-3.fcs · byMM492-SDC-4.fcs · byMM492-es-1.fcs · byMM492-es-2.fcs · byMM492-es-3.fcs · byMM492-tc+es-1.fcs · byMM492-tc+es-2.fcs · byMM492-tc+es-3.fcs · byMM492-tc+es-4.fcs · byMM492-tc-1.fcs · byMM492-tc-2.fcs · byMM492-tc-3.fcs · byMM492-tc-4.fcs · byMM866-SDC-1.fcs · byMM866-SDC-2.fcs · byMM866-SDC-3.fcs · byMM866-SDC-4.fcs · byMM866-es-1.fcs · byMM866-es-2.fcs · byMM866-es-3.fcs · byMM866-es-4.fcs · byMM866-tc+es-1.fcs · byMM866-tc+es-2.fcs · byMM866-tc+es-3.fcs · byMM866-tc+es-4.fcs · byMM866-tc-1.fcs · byMM866-tc-2.fcs · byMM866-tc-3.fcs · byMM866-tc-4.fcs |
| · Figure5+S4 | byMM1491-1-SDC-1.fcs · byMM1491-1-SDC-2.fcs · byMM1491-1-SDC-3.fcs · byMM1491-1-SDC-4.fcs · byMM1491-1-ec125nm-2.fcs · byMM1491-1-es125nm-1.fcs · byMM1491-1-es125nm-3.fcs · byMM1491-1-tc+es-1.fcs · byMM1491-1-tc+es-2.fcs · byMM1491-1-tc+es-3.fcs · byMM1491-1-tc260UM-3.fcs · byMM1491-1-tc260uM-2.fcs · byMM1491-1-tc260uM-4.fcs · byMM1491-1-tc260um-1.fcs · byMM1491-SDC-1.fcs · byMM1491-SDC-2.fcs · byMM1491-SDC-3.fcs · byMM1491-es125nm-1.fcs · byMM1491-es125nm-2.fcs · byMM1491-es125nm-3.fcs · byMM1491-tc+es 125nm-1.fcs · byMM1491-tc+es125nm-2.fcs · byMM1491-tc+es125nm-3.fcs · byMM1491-tc130uM-1.fcs · byMM1491-tc130uM-2.fcs · byMM1491-tc130uM-3.fcs · byMM1492-SDC-1.fcs · byMM1492-SDC-2.fcs · byMM1492-SDC-3.fcs · byMM1492-es-1.fcs · byMM1492-es-2.fcs · byMM1492-es-3.fcs · byMM1492-tc+es-1.fcs · byMM1492-tc+es-2.fcs · byMM1492-tc+es-3.fcs · byMM1492-tc-1.fcs · byMM1492-tc-2.fcs · byMM1492-tc-3.fcs · byMM1702-SDC-1.fcs · byMM1702-SDC-2.fcs · byMM1702-SDC-3.fcs · byMM1702-SDC-4.fcs · byMM1702-es-1.fcs · byMM1702-es-2.fcs · byMM1702-es-3.fcs · byMM1702-es-4.fcs · byMM1702-tc+es-1.fcs · byMM1702-tc+es-2.fcs · byMM1702-tc+es-3.fcs · byMM1702-tc-1.fcs · byMM1702-tc-2.fcs · byMM1702-tc-3.fcs · byMM1702-tc-4.fcs · byMM1702-tc-5.fcs · byMM1703-SDC-1.fcs · byMM1703-SDC-2.fcs · byMM1703-SDC-3.fcs · byMM1703-SDC-4.fcs · byMM1703-es-1.fcs · byMM1703-es-2.fcs · byMM1703-es-3.fcs · byMM1703-es-4.fcs · byMM1703-tc+es-1.fcs · byMM1703-tc+es-2.fcs · byMM1703-tc+es-3.fcs · byMM1703-tc-1.fcs · byMM1703-tc-2.fcs · byMM1703-tc-3.fcs |
| · Figure6 | byMM1899-SDC-1.fcs · byMM1899-SDC-2.fcs · byMM1899-SDC-3.fcs · byMM1899-gala+tc-1.fcs · byMM1899-gala+tc-2.fcs · byMM1899-gala+tc-3.fcs · byMM1899-gala-1.fcs · byMM1899-gala-2.fcs · byMM1899-gala-3.fcs · byMM1899-tc-1.fcs · byMM1899-tc-2.fcs · byMM1899-tc-3.fcs · byMM1916-SDC-1.fcs · byMM1916-SDC-2.fcs · byMM1916-SDC-3.fcs · byMM1916-gala+tc-1.fcs · byMM1916-gala+tc-2.fcs · byMM1916-gala+tc-3.fcs · byMM1916-gala-1.fcs · byMM1916-gala-2.fcs · byMM1916-gala-3.fcs · byMM1916-gala-4.fcs · byMM1916-tc-1.fcs · byMM1916-tc-2.fcs · byMM1916-tc-3.fcs |
| · Figure7 | byMM1888-SDC-1.fcs · byMM1888-SDC-2.fcs · byMM1888-SDC-3.fcs · byMM1888-gala+tc-1.fcs · byMM1888-gala+tc-2.fcs · byMM1888-gala+tc-3.fcs · byMM1888-gala-1.fcs · byMM1888-gala-2.fcs · byMM1888-gala-3.fcs · byMM1888-tc-1.fcs · byMM1888-tc-2.fcs · byMM1888-tc-3.fcs · byMM1909-SDC-1.fcs · byMM1909-SDC-2.fcs · byMM1909-SDC-3.fcs · byMM1909-tc-1.fcs · byMM1909-tc-2.fcs · byMM1909-tc-3.fcs · byMM1969-SDC-1.fcs · byMM1969-SDC-2.fcs · byMM1969-SDC-3.fcs · byMM1969-SDC-4.fcs · byMM1969-tc-1.fcs · byMM1969-tc-2.fcs · byMM1969-tc-3.fcs · byMM1969-tc-4.fcs |
| · Figure8 | byMM1965-SDC-1.fcs · byMM1965-SDC-2.fcs · byMM1965-SDC-3.fcs · byMM1970-SDC-1.fcs · byMM1970-SDC-2.fcs · byMM1970-SDC-3.fcs · byMM1971-SDC-1.fcs · byMM1971-SDC-2.fcs · byMM1971-SDC-3.fcs |
